中華大學生物資訊學系專題報告擷取碼的轉換應用於同源序列搜尋The application of transformation of accession numbers to homologous sequence searching 專題組員:李昱賢、蔡承錞、張智堯、曹富凱專題編號：PROJ2008-BIOINFO-9410指導老師: 侯玉松老師一、摘要 每個蛋白質都有其代號與同源性，而每個蛋白質資料庫中都有其自家的蛋 白 質 擷 取 碼 代 號 ， 其 主 鍵(Primary Key)不同能應用的資料庫當然也不同，為了能轉換各個資料庫的主鍵，我們收集了各資料庫的資料與同源資料加以整理並且建立了對照表，再利用擷取碼對照表與同源對照表，建立我們自己的轉換程式與同源蛋白搜尋程式，最後為了需求者的方便，我們把上述程式加以整合，並且視窗化，完成了一個具蛋白質擷取碼轉換與同源搜尋功能的整合程式。二、簡介 由於有些研究者在研究蛋白序列時，取得了資料庫的蛋白質擷取碼後，如果想再另外的資料庫上搜尋時，有時會因為兩種資料庫的命名擷取碼方式不同，造成研究者在不同資料庫中做搜尋時，會發生擷取碼無法對照或找不到該擷取碼的困擾， 所以本專題主要目的是嘗試用程式來轉換擷取碼，讓研究者可以透過程式，來轉換自己所需的擷取碼，以便可以在另外的資料庫中使用。 另一方面研究者在轉換所需擷取碼之後，我們提供該擷取碼的相關同源蛋白，讓研究者不僅可以知道各個資料庫的蛋白質擷取碼並且可以讓他們進一步了解這些蛋白質擷取碼的相關性，不在需要到網站上做搜尋，只需要藉由程式就可以達到目的。三、專題進行方式(一)蒐集資料1.何謂擷取碼? 擷取碼就像是資料庫中的主鍵(Primary Key) ， 而 Primary Key的作用是尋找或查詢資料的主要依據，任何候選鍵都可當主鍵，但只能有一個主鍵，以鑰匙狀的標記表示主鍵值。所以每個擷取碼就像我們的身分證字號一樣，是獨一無二的，我們可以依據擷取碼，找到我們需要的蛋白質序列。2.擷取碼轉換資料PIR(Protein Information Resource)為 PIR-International 這個大分子序列資料收集中心所維持的蛋 白 質 序 列 資 料 庫 此 中 心 包 括National BiomediCal Research Foundation (NBRF) Protein Information Resource (PIR)，日本 Japan International Protein Information Datebase Martinscried Institute for Protein Sequence (MPS) 提供了我們各個資料庫轉換成 uniport 的資料。(圖一)(http://pir.georgetown.edu/pir...
