图文详解MEGA 5 构建系统发育树 (2013-10-11 20:52:49) 如 遇 不 妥 ， 请 指 正 。 软件下载：MEGA 5；DNAMAN 7 1． 准 备 序 列 文 件 准备 fasta 格式序列文件（fasta 格式：大于号>后紧跟序列名， 换行后是序列。举例如 下）。每条序列可以单独为一个文件， 也可以把所有序列放在同一文件内。 核酸序列： >sequence1_name CCTGGCTCAGGATGAACGCT 氨基酸序列： >sequence2_name MQSPINSFKKALAEGRTQIGF 2． 多序 列 比对 打开 MEGA 5， 点击 Align， 选择 Edit/Build Alignment， 选择 Create a new alignment， 点击 OK。 → 这 时 需 要 选 择 序 列 类 型 ， 核 酸 （ DNA） 或 氨 基 酸 （ Protein） 。 选 择 之后， 在弹出的窗口中直接 Ctrl + V 粘贴序 列 （ 如果所有序 列 在同一个文件中， 即可全选 序 列 ， 复制） 。也可以：点击 Edit， 选 择 Insert Sequence From File， 选 择 序 列 文件（ 可多选 ） 。 序 列 文 件 加 载 之 后 ， 呈 蓝 色 背 景 （ 为 选 中 状 态 ） 。点击按钮 ， 选 择 Align DNA（ 如果是氨基酸序 列 ， 则会出现 Align Protein） 。弹出的窗口中 设置比对参数， 一般都是采用默认参数即可。点击 OK， 开始多序 列 比对。 比 对 完 成 后 ， 呈 现 以 下 状 态 。 这时需要截齐两端含有---的序列：选中含有---的序列， 按键 Delete 删除（注意：两端都需要截齐）。截齐之后 ， 保存文件为：filename.mas ↓ 3． 构 建 系 统 进 化树 多 序 列 比 对 窗 口 ， 点 击 Data， 选 择 Phylogenetic Analysis， 弹 出 窗 口 询问 ： 所 用 序 列 是 否 编 码 蛋 白 质 ， 根 据 实 际 情 况 选 择Yes 或 No。此时， 多 序 列比 对 文件就激活了， 可以返回 MEGA 5 主界面建树了。 MEGA 5 主 界 面 。点 击 Phylogeny， 选 择 Construct/Test Neighbor-Joining Tree…弹 出 的 对 话 框 询 问 ： 是 否 使 用 当 前 激 活 的 数 据 ， 选 择 Yes。这 时弹 出 建 树 参 数 设 置 对 话 框 ， 更 改 No. of Bootstrap Replications 为 1000， 其他 参 数 默 认 即 可 ， 点 击 Compute。 这 ...
