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》》》 PyMOL 用 户 指 南 《《《 09.7.23 山东大学 生命科学学院 lswang lab 1 / 42 PyMOL 用户指南 目 录 一 、 鼠 标 操 作 入 门 4(这 个 数 字 是 超 链 接 ， ctrl+左 键 ) 1. 启动4 1) 通过鼠标4 2) 通过命令行4 2. PyMOL 窗口4 1) Virewer 窗口4 2) 外部GUI 窗口5 3. 下载PDB 文件5 4. 操控视图6 1) 基本鼠标控制6 2) 虚拟滚动球旋转7 3) 移动截面7 4) 改变旋转中心点8 5) 简单回顾9 二 、 命 令 行 操 作 入 门9 1. 记录结果9 2. 载入数据9 3. 操控对象（Object）10 1) 原子选择11 2) 对象和选择的着色12 3) 对象和选择的on/off13 4. 改变视点13 5. 保存工作14 1) 脚本和日志文件14 2) 图像文件15 3) 会话文件16 6. 命令行快捷键16 1) 用TAB 键完成命令16 2) 用TAB 键完成文件名17 3) 自动推理17 7. 其他命令和帮助17 注：页面背景和页脚的图像分别是1GCL、111D 的cartoon 显示 》》》 PyMOL 用 户 指 南 《《《 09.7.23 山东大学 生命科学学院 lswang lab 2 / 42 三 、 命 令 句 法 和 原 子 选 择 18 1. 语法 18 1) 选择表达 18 2) 原子选择命名 19 3) 单字选择符 4) 属性选择符 20 5) 选择代数 22 6) 宏指令 23 2. 从 PyMOL 中读取 Python 24 四 、 卡 通 表 示 25 1. 背景 25 1) 可达性 25 2) 美化和精确 26 2. 定制化 28 1) 卡通类型 28 2) 精美螺旋 31 3. 二级结构归属 32 五 、 光 线 追 踪 33 1. 重要设置 33 2. 保存图片 34 六 、 立 体 效 果 34 1. 支持的立体模式 34 2. 制作立体图片 34 3. 相关命令 34 七 、 动 画 35 1. 概念 35 2. 重要命令 35 1) Load 2) Mset 3) Mdo 4) Mmatrix 3. 简单举例 36 4. 复杂举例 36 5. 预览 ray-traced 动画图片 37 1) Cache_frames 》》》 PyMOL 用 户 指 南 《《《 09.7.23 山东大学 生命科学学院 lsw ang lab 3 / 42 2) mclear 6. 保存动画37 八、 高级鼠标控制37 1. 选择原子和键 37 2. “pk”原子选择的应用举例 38 3. “lb”和“rb”选择 38 4. 构象编辑 38 九、 晶体应用 38 1. 晶体对称性 38 1) Load 2) Symexp 2. 电子密度图 39 1) Load 2) Isomesh 和...