生物信息学复习题一、名词解释生物信息学，二级数据库，FASTA 序列格式，genbank 序列格式，Entrez,BLAST,查询序列（query）,打分矩阵（scoringmatrix）,空位（gap），空位罚分，E 值，低复杂度区域，点矩阵（dotmatrix），多序列比对，分子钟，系统发育（phylogeny），进化树的二歧分叉结构，直系同源，旁系同源，外类群，有根树，除权配对算法（UPGMA）,邻接法构树，最大简约法构树，最大似然法构树，一致树（consensustree）,bootstrap，开放阅读框（ORF），密码子偏性（codonbias），基因预测的从头分析法，结构域（domain），超家族，模体（motif）,序列表谱（profile），PAM 矩阵，BLOSUM，PSI-BLAST,RefSeq，PDB数据库，GenPept,折叠子，TrEMBLMMDB，SCOP，PROSITE，GeneOntologyConsortium,表谱（profile）。二、问答题1）生物信息学与计算生物学有什么区别与联系？2）试述生物信息学研究的基本方法。3）试述生物学与生物信息学的相互关系。4）美国国家生物技术信息中心 NCBI）的主要工作是什么？请列举个以上 NCBI 维护的数据库。5）序列的相似性与同源性有什么区别与联系？6）BLAST 套件的 biastnbiastpbiastxtblastn 和 tbiastx 子工具的用途什么？7）简述 BLAST 搜索的算法。8）什么是物种的标记序列？9）什么是多序列比对过程的三个步骤？10）简述构建进化树的步骤。11）简述除权配对法（UPGMA）的算法思想。12）简述邻接法（NJ）的算法思想。13）简述最大简约法（MP）的算法思想。14）简述最大似然法（ML）的算法思想。15）UPGMA 构树法不精确的原因是什么？16）在 MEGA2 软件中，提供了多种碱基替换距离模型，试列举其中 2 种，解释其含义。17）试述 DNA 序列分析的流程及代表性分析工具。18）如何用 BLAST 发现新基因？19）试述 SCOP 蛋白质分类方案。20）试述 SWISS-PROT 中的数据来源。21）TrEMBL 哪两个部分？22）试述 PSI-BLAST 搜索的 5 个步骤。三、操作与计算题1）如何获取访问号为 U49845 的 genbank 文件？解释如下 genbank 文件的LOCUS 行提供的信息：LOCUSSCU498455028bpDNAiinearPLN21-JUN-19992）利用 Entrez 检索系统，对核酸数据搜索，输入如下信息，将获得什么结果：AF114696:AF114714[ACCN]。3）相比使用 BLAST 套件搜索数据库，BLAST2 工具在结果呈现上有什么优点？4）MEGA2 如何将其它多序列比对格式文件转化为 MEGE 格式的多序列比对文件？5）什么简约信息位...
