分子实验学习总结——郁娟娟VIP免费

DNAstar：序列拼接 MEGA：分析碱基组成 CLUSTAL：序列比对 PAUP：跑树 DABE：饱和性分析 总思路：序列拼接-比对- 四、下载序列的方法 打开.Fasta 格式的序列-File ex port-sequ ance alignment-保存 在 NCBI 上找到相应的序列方法： Search Nu cleotide for 文章的 genibank 序列号-reports-复制序列到 tx t 文件中，删除没用的东西，只留下序列和学名。 保存成tx t 文件后，打开 Editseq-将,tx t 序列复制到其中-sav e 保存为 seq 格式 五、将拼接序列翻译成蛋白质方法 打开拼接的序列-全选中-Goodies-translate DNA 2、如何计算碱基含量比值、 答：MEGA-Nu cleotide Composition 六、DAMBE序列饱和性分析 序列的饱和性分析在DAMBE程序中，以转换、颠换数为纵轴，以TN93模型（Tamu ra and Nei, 1993）校正的距离为横轴做散点图。如果这些点随序列间分歧增大呈线性分布就说明序列间替换没有达到饱和，序列可以用于后续的系统发育分析。DAMBE还长用在单倍型的归纳、基因频率和碱基组成分析、遗传距离计算、序列排序、 5.2.2碱基替换饱和效应的检验 当核苷酸序列分歧较小时，序列之间被观察到的核苷酸差异数接近实际替换数。如果序列分歧较大，DNA序列的变异可能会受到饱和效应的影响，这时观察到的碱基差异可能包含了部分进化杂音。一般说来，碱基转换发生的频率高于颠换，但是随物种分歧程度的增加，转换/颠换的比率接近或小于 1，说明转换可能已经趋于饱和并可能成为进化杂音，所以转换和颠换发生的频率与序列间分歧度的关系就可以反映出碱基替换是否受饱和效应的影响。在着手构建分子系统树前，为了排除这种进化杂音获取正确的进化信息，必须对目的片段的碱基替换是否受到饱和效应的影响进行检验。 用 DAMBE（Xia，2000）分别对四个 mtDNA片段的碱基替换模式进行检测，以此估计所研究mtDNA片段的碱基替换是否受到饱和效应的影响。 打开DAMBE-FILE-Open standard sequence file- 类型unknown- 打开proteincoding nuc.seq-invMtdna-trains-table –go-graphics-trainsition and tranversion versis advance –tn93-g0-graphstyle-curve only-保存.bmp 问题 1、如何计算密码子的不同位上碱基变化，转换颠换比值 2、如何进行序列的饱和性分析 序列的饱和性分析在DAMBE程序中，以转换、颠换数为纵轴，以TN93模型（Tamura & Nei, 1993）校正的距离为横轴做散点图。如果这...