第五章 分子进化：系统树的构建 自20 世纪中叶，随着分子生物学的不断发展，进化研究也进入了分子进化(molecular evolution)研究水平，并建立了一套依赖于核酸、蛋白质序列信息的理论和方法。随着基因组测序计划的实施，基因组的巨量信息对若干生物领域重大问题的研究提供了有力的帮助，分子进化研究再次成为生命科学中最引人注目的领域之一。这些重大问题包括：遗传密码的起源、基因组结构的形成与演化、进化的动力、生物进化等等。分子进化研究目前更多地是集中在分子序列上，但随着越来越多生物基因组的测序完成，从基因组水平上探索进化奥秘，将开创进化研究的新天地。人与老鼠的基因组大小相似，都含有约30 亿碱基对，基因的数量也相近，可人与老鼠为何差异如此之大？从进化的角度如此解释？是否可以在浩如烟 海 的基因组密码中获 得 答 案 ？ 第一节 系统树及 其 它 一． 系统树 分类 学涉 及 的问题是将生物合 理地分成一定 的类 群 ，使 类 群 内 的个 体 成员 相同 或 非 常 相似。分类 学可以进行 物种 的分类 。对于进化研究，分类 涉 及 到 系统发育 的重构(reconstruction of phylogenies)，构建系统发育 过 程 有助于通 过 物种 间 隐 含的种 系关 系揭 示 进化动力的实质。Nei(1987)、Li 和 Graur(1991)等人已 对构建系统发育 过 程 进行 了全 面 的总 结，本 章只 提示 性 地介 绍 相关 方法。 表 型 的(phenetic)和遗传的(cladistic)数据 有着明 显 差异。Sneath 和Sokal(1973)将表 型 性 关 系定 义 为根 据 物体 一组表 型 性 状 所 获 得 的相似性 ，而 遗传性 关 系含有祖 先 的信息，因而 可用 于研究进化的途 径 。这两 种 关 系可用 于系统树(phylogenetic tree)或 树状 图 (dendrogram)来表 示 。表 型 分枝 图 (phenogram)和进化分枝 图 (cladogram)两 个 术 语 已 用 于表 示 分别 根 据 表 型 性 的和遗传性 的关系所 建立的关 系树。进化分枝 图 可以显 示 事 件 或 类 群 间 的进化时 间 ，而 表 型 分枝图 则 不需 要 时 间 概 念 。在本 章，我 们 将不会 十 分注重这一区 别 ，正 如Nei(1987)指 出 的，如果 表 型 相似性 的尺 度意 味 着进化上的相似性 的程 度，则 有关 表 型 的方法就 可以提供遗传上的关...
