MS分子动力学模拟具体实施步骤VIP免费

第3 章 铁基块体非晶合金‐纳米晶转变的动力学模拟过程 3.1 Discover 模块 3.1.1 原子力场的分配 在使用Discover 模块建立基于力场的计算中，涉及几个步骤。主要有：选择力场、指定原子类型、计算或指定电荷、选择non‐bond cutoffs。 在这些步骤中，指定原子类型和计算电荷一般是自动执行的。然而，在某些情形下需要手动指定原子类型。原子定型使用预定义的规则对结构中的每个原子指定原子类型。在为特定的系统确定能量和力时，定型原子使工作者能使用正确的力场参数。通常，原子定型由Discover 使用定型引擎的基本规则来自动执行，所以不需要手动原子定型。然而，在特殊情形下，人们不得不手动的定型原子，以确保它们被正确地设置。 图 3-1 1） 计算并显示原子类型：点击Edit→Atom Selection，如图 3‐1 所示 图3-2 弹出对话框，如图 3‐2 所示 从右边的… 的元素周期表中选择Fe，再点Select，此时所建晶胞中所有Fe 原子都将被选中，原子被红色线圈住即表示原子被选中。再编辑集合，点击Edit→Edit Sets，如图3‐3、3‐4 所示。 图 3-3 图 3-4 弹出对话框见图3‐4，点击New...，给原子集合设定一个名字。这里设置为Fe，则3D 视图中会显示“Fe”字样，再分配力场：在工具栏上点击Discover 按钮，从下拉列表中选择 Setup，显示Discover Setup 对话框，选择 Typing 选项卡，见图3‐5。 图 3-5 在 Forcefield types 里选择相应原子力场，再点Assign（分配）按钮进行原子力场分配。注意原子力场中的价态要与 Properties Project 里的原子价态（Formalcharge）一致。 3.1.2 力场的选择 1）Energy，见图3‐6。 图3-6 力场的选择： 力场是经典模拟计算的核心，因为它代表着结构中每种类型的原子与围绕着它的原子是如何相互作用的。对系统中的每个原子，力场类型都被指定了，它描述了原子的局部环境。力场包括描述属性的不同的信息，如平衡键长度和力场类型对之间的电子相互作用。常见力场有COMPASS、CVFF 和PCFF。 Select 下拉菜单中有三个选项： ①COMPASS 力场：COMPASS 力场是第一个把以往分别处理的有机分子体系的力场与无机分子体系的力场统一的分子力场。COMPASS 力场能够模拟小分子与高分子，一些金属离子、金属氧化物与金属。在处理有机与无机体系时，采用分类别处理的方式，不同的体系采用不同的模型，即使对于两类体系的混合，仍然能够采用合理的模型描述。 ②CVFF 力场：CV...