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生工测序部峰图案例分析20131201

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样品类型状态示例峰图菌样、质粒测序成功(收费)非单克隆(收费) 测序失败(不收费)特殊结构(收费)测序成功(收费)测序双峰(收费) 测序失败(不收费)原因分析 测序样品序列中含有特殊结构区域(Poly A/T/C/G),会影响测序仪器对序列的读取,结构后峰形重叠。 建议:从另外一个测序方向进行尝试。 1、质粒本身或提取的质粒浓度较低,无法达到测序要求; 2、自带测序引物质量较差,测序反应结束之后没有产生足够的模板量,导致测序信号较弱; 3、质粒模板与使用的测序引物存在多个结合位点,导致测序过程中扩增出多套模板,出现重叠现象; 4、载体信息提供错误或是设计引物存在问题,选用的测序引物与质粒没有结合位点。 测序结果在载体序列之后出现重叠的杂峰,这种情况是由于实验过程中存在污染,提供的测序样品并非单克隆导致。 建议:重新挑取单克隆样品提供给我们进行测序。 测序成功峰图如图所示。 测序样品序列中含有特殊结构区域(微卫星),会影响测序仪器对序列的读取,结构后峰形重叠。 建议:从另外一个测序方向进行尝试。 测序成功峰图如图所示。 PCR样品测序结果基本以“A”结尾(如图260bp短片段,末尾会显示“A”)。 测序样品序列中含有特殊结构区域(Poly A/T/C/G),会影响测序仪器对序列的读取,结构后峰形重叠。 建议:从另外一个测序方向进行尝试。 2、模板或引物已经降解; 3、引物Tm值太低不适合于测序(测序反应的退火温度为52℃, 延伸温度60℃); 4、测序引物不是PCR产物的扩增引物,引物和模板本身没有结合位点。 测序样品序列中含有特殊结构区域(回文结构),会影响测序仪器对序列的读取,结构后峰形重叠。 建议:从另外一个测序方向进行尝试。 1、测序模板浓度较低,无法达到测序要求; 2、模板或引物已经降解; 3、引物Tm值太低不适合于测序(测序反应的退火温度为52℃, 延伸温度60℃); 4、测序引物不是PCR产物的扩增引物,引物和模板本身没有结合位点。 1、已纯化PCR产物:客户回收过程中未有效去除非特异性条带; 2、未纯化PCR产物:目的片段附近含有大小相近的非特异性条带,我们通过琼脂糖凝胶回收无法有效去除这种非特异性条带; 3、引物与模板存在多个结合位点; 建议:进行克隆测序或是重新提供模板引物进行尝试。

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