先看一下megalign的简单介绍 MegAlign 提供6 列队(aligment)方法，进行DNA 和蛋白质序列的配对和多序列比较(multiple aligment) 。多序列比较(multiple aligment) 可以在 MegAlign 的worktable 进行查看和编辑。可以根据队列(aligment)的结果制作进化树（Phylogenetic trees ），并且，有关序列距离的数据和残基替代可以容易地作成表格。 一般多序列比较(multiple aligment) 的结果展示于队列(aligment) 窗口，相似性和差异用彩色的直方图展示。 打开方法与 editseq 一样，只不过点选 megalign 图标，然后进入其界面 选择 File-Enter Sequences 首先进行2 个序列比对，选中所需序列1 和2，点击 add，使从左侧添加到右边的框中，单击 Done 出现如图所示界面，选中 1 与 2（可按 control 点选），之后选择 Align-One Pair-By Wilbu r-Lipman method 出现如图所示界面，即为 blast 结果，但画面不美观，可对其进行调整，点击鼠标所处位置按钮 出现此对话框，里面可进行一系列设置，可根据自己喜好进行，使界面更美观形象 设置后可看到错配碱基，如下，还是比较直观吧 比对之后可对其进行结果查看，点选 View -Alignment report 即可 结果如图 对于多序列的比对，添加序列与一对序列一样，不过选择的 Align-Clustal 或者 Jotun Hein 命令 如点了之后出现点选Jotun He2 次变成4 条后点选View-P现如下结果，ein 后，出现如条了 ） Phylogenetic因我用序列如图界面，图 Tree 进行系列太少，体现图中红线部分系统树分析 不出很好效果分代表同源序果，欢迎大家序列（偷懒了家自己尝试 了，2 个序列 添加 简单的把Alignment report参数设置介绍下 关于Alignment report，参考图 8，之后选择 options-Alignment Report Contents 出现如图对话框，为使 Alignment report 界面更美观一点，首先调整其界面，点选 break alignment，填入适当的碱基数，我一般选择 80 个，可填满整个界面，点击 OK 出现如图所示界面，是不是更好看些？ 继续选择上面对话框中的show consensus disagreement，会标示出错配碱基（绿色部分） 如继续选择show consensus strength，则出现如图所示结果，一致序列用红线代表 谢谢，正需要这些，不过请问Align‐Clustal 或者Jotun Hein 命令有什么区别呢？Clustal 还有V、W 之分，有什么区别？ 在一对比对是，One Pair‐By Wilbu...
