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生物信息学2018 年 12 月 21 日14:33填空,选择,计算,简答,名词解释几代测序的代表平台,优缺点一代 DNA 测序技术用的是 1975 年由桑格(Sanger)和考尔森(Coulson)开创的链终止法Sanger 法核心原理是:由于 ddNTP 的 2'和 3'都不含羟基,其在 DNA 的合成过程中不能形成磷酸二酯键,因此可以用来中断 DNA 合成反应,在 4 个 DNA 合成反应体系中分别加入一定比例带有放射性同位素标记的 ddNTP(分为:ddATP,ddCTP,ddGTP 和 ddTTP),通过凝胶电泳和放射自显影后可以根据电泳带的位置确定待测分子的 DNA 序列第一代测序技术的主要特点是测序读长可达 1000bp,准确性高达 99.999%,但其测序成本高,通量低等方面的缺点,严重影响了其真正大规模的应用以 Roche 公司的 454 技术、illumina 公司的 Solexa,Hiseq 技术和 IABI 公司的Solid 技术为标记的第二代测序技术诞生了(1)DNA 待测文库构建利用超声波把待测的 DNA 样本打断成小片段,目前除了组装之外和一些其他的特殊要求之外,主要是打断成 200-500bp 长的序列片段,并在这些小片段的两端添加上不同的接头,构建出单链 DNA 文库。2)FlowcellFlowcell 是用于吸附流动 DNA 片段的槽道,当文库建好后,这些文库中的DNA 在通过 flowcell 的时候会随机附着在 flowcell 表面的 channel 上。每个Flowcell 有 8 个 channel,每个 channel 的表面都附有很多接头,这些接头能和建库过程中加在 DNA 片段两端的接头相互配对(这就是为什么 flowcell能吸附建库后的 DNA 的原因),并能支持 DNA 在其表面进行桥式 PCR 的扩增。(3)桥式 PCR 扩增与变性桥式 PCR 以 Flowcell 表面所固定的接头为模板,进行桥形扩增,如图 4.a所示。经过不断的扩增和变性循环,最终每个 DNA 片段都将在各自的位置上集中成束,每一个束都含有单个 DNA 模板的很多分拷贝,进行这一过程的目的在于实现将碱基的信号强度放大,以达到测序所需的信号要求。(4)测序测序方法采用边合成边测序的方法。向反应体系中同时添加 DNA 聚合酶、接头引物和带有碱基特异荧光标记的 4 中 dNTP(如同 Sanger 测序法)。这些 dNTP 的 3'-OH 被化学方法所保护,因而每次只能添加一个 dNTP。在dNTP 被添加到合成链上后,所有未使用的游离 dNTP 和 DNA 聚合酶会被洗脱掉。接着,再加入激发荧光所需的缓冲液,用激光激发荧光信号,并有光学设备完成荧...

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