一. 材料与方法10.基因测序为了分析 LPS 感染过程中，芍药苷对心脏微血管内皮细胞（RCMECs）基因表达的影响，我们将处理后的细胞进行了基因测序（RNA-seq）。将细胞分为实验组（40uM 芍药苷预处理 4h+LPS 组）和对照组（LPS 处理组），每组 3个生物学重复。对两组数据依次进行了数据质量评估、样本相关性分析、对比参考基因组、表达定量、差异基因表达、差异基因功能分析、差异基因信号通路分析等。在数据品质的评价方面，本试验从测序质量分数、单碱基序列质量、序列GC 含量及序列长度分布情况等方面对试验数据进行质控。相关性分析是考察变量与其他变量相关性的一种方法，通过多元统计分析相关变量是否以某种特定的方式聚集到一起。本试验中通过计算样本之间的皮尔森相关系数（Pearson Correlation Coefficient）来分析样本间的相关程度，利用样本相关性图可视化相关性系数矩阵来展示样本相关性。转录组测序部分利用高通量测序对总的 RNA 反转录后得到的 cDNA 测序，得到样本在该状态下的绝大部分转录本。对有参考基因组的分析，依赖于已知物种的基因组信息或完好转录组的信息，就能够把测序出的序列（reads）比对到参考基因组上，进而对基因或转录本进行注释和定量。在研究两组样本差异时，我们把差异基因作为研究对象，进行进一步的研究，利用 DESeq2 对两组进行比较，得到统计学检测的 P 值，P 值校正后的数值（Padjust 值）和基因间的差异倍数（Fold-change）。之后利用差异筛选得到的差异基因，根据每个基因在样本中的信号值来分别对基因和样本进行聚类分析，可以从样本的聚类结果中发现样本组内和组间的相关性情况，从基因的聚类结果中可以发现聚为一类的基因群在样本中具有类似的表达情况，可能具有相似的功能。在研究两组样本差异时，我们把差异转录本作为研究对象，进行进一步的研究，利用 Ballgown 对两组进行比较，得到显著性 P 值，Q 值（多重假设检验校正后的 P 值）和转录本间的差异倍数（Fold-change）。Gene Ontology 数据库即基因本体学数据库，通常称为 GO 数据库，用树状分层的方式对基因及蛋白功能进行详细的描述，阐明了基因功能之间的层次关系 。 并 将 基 因 功 能 分 为 ： 分 子 功 能 （ molecular function ） 、 生 物 学 过 程（biological process）和细胞成分（cellular component）三个类别。Pathway 分析基 于 京 都 基 因 与 基 因 组 ...
