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蛋白质结构预测网址物理性质预测：Compute PI/MW http://expaxy.hcuge.ch/ch2d/pi-tool.htmlPeptidemasshttp://expaxy.hcuge.ch/sprot/peptide-mass.html TGREASE ftp://ftp.virginia.edu/pub/fasta/ SAPS http://ulrec3.unil.ch/software/SAPS_form.html基于组成的蛋白质识别预测AACompIdent http://expaxy.hcuge.ch/ch2d/aacompi.htmlAACompSim http://expaxy.hcuge.ch/ch2d/aacsim.html PROPSEARCH http://www.embl-heidelberg.de/prs.html二级结构和折叠类预测nnpredict http://www.cmpharm.ucsf.edu/~nomi/nnpredictPredictprotein http://www.embl-heidelberg.de/predictprotein/SOPMA http://www.ibcp.fr/predict.htmlSSPRED http://www.embl-heidelberg.de/sspred/ssprd_info.html特别结构或结构预测COILS http://ulrec3.unil.ch/software/COILS_form.htmlMacStripe http://www.wi.mit.edu/matsudaira/macstripe.html与核酸序列一样，蛋白质序列的检索往往是进行相关分析的第一步，由于数据库和网络技校术的进展，蛋白序列的检索是十分方便，将蛋白质序列数据库下载到本地检索和通过国际互联网进行检索均是可行的。由 NCBI 检索蛋白质序列可联网到：“http://www.ncbi.nlm.nih.gov:80/entrz/query.fcgi?db=protein”进行检索。利用 SRS 系统从 EMBL 检索蛋白质序列联网到：http://srs.ebi.ac.uk/”，可利用 EMBL 的 SRS 系统进行蛋白质序列的检索。通过 EMAIL 进行序列检索当网络不是很畅通时或并不急于得到较多数量的蛋白质序列时，可采纳EMAIL 方式进行序列检索。蛋白质基本性质分析蛋白质序列的基本性质分析是蛋白质序列分析的基本方面，一般包括蛋白质的氨基酸组成，分子质量，等电点，亲水性，和疏水性、信号肽，跨膜区及结构功能域的分析等到。蛋白质的很多功能特征可直接由分析其序列而获得。例如，疏水性图谱可通知来预测跨膜螺旋。同时，也有很多短片段被细胞用来将目的蛋白质向特定细胞器进行转移的靶标（其中最典型的例子是在羧基端含有KDEL 序列特征的蛋白质将被引向内质网。WEB 中有很多此类资源用于帮助预测蛋白质的功能。疏水性分析位于 ExPASy 的 ProtScale 程序（ http://www.expasy.org/cgi-bin/protscale.pl）可被用来计算蛋白质的疏水性图谱。该网站充许用户计算蛋白质的 50 余种不同属性，并为每一种氨基酸输出相应的分值。输入的数据可为蛋白质序列或 SWISSPROT 数据库的序...