生物信息学：蛋白质组分析VIP免费

蛋白质组分析应用介绍俞鸿技术服务部经理主要内容相关数据库UniProt,Genbank,RefSeq,Ensembl,IPI,GenomeNet蛋白质数据分析基本物理化学性质分析序列相似性比较特征序列分析翻译后修饰分析功能域分析亚细胞定位分析GO分类KEGGPathway分析蛋白质相互作用分析主要蛋白质序列检索工具软件网址简短描述Entrezhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/EntrezNCBI提供的集成检索工具。整合了很多种序列数据库DBGEThttp://www.genome.ad.jp/dbget日本京都大学化学研究所提供的检索序列数据库的工具UniProthttp://www.expasy.org/sprot/EBI序列检索网页SRShttp://srs.ebi.ac.uk/由EMBnet提供的主要数据库检索工具NCBIEntrezDBGETUniProtSRS蛋白质基本物化性质分析EMBOSSPepstatsPepinfoIepPepwindowOctanol……ExPASyProtParamComputepI/MWProtScale……EMBOSS-pepstatshttp://bioinfo.hku.hk/cgi-bin/emboss.pl?_action=input&_app=pepstatsEMBOSS-pepinfohttp://bioinfo.hku.hk/cgi-bin/emboss.pl?_action=input&_app=pepinfoExPASy-ProtParamhttp://us.expasy.org/tools/protparam.html计算多种理化指标ExPASy-ComputepI/MWhttp://us.expasy.org/tools/pi_tool.html计算蛋白质等电点和分子质量ExPASy-ProtScalehttp://us.expasy.org/tools/protscale.html计算蛋白质中各种氨基酸理化性质度量，例如疏水性等等序列相似性比较两序列比较主要工具：BLAST常用数据库：NCBINR，SWISSPROT命令示例：nohupblastall–iinput.seq–dnr–pblastp–e1e-3–FF–oblast.out>nohup.out多序列比对Clustalw/clustalx等特征序列分析蛋白质特征序列对于蛋白质高级结构及其功能来说具有非常重要的作用软件网址简短描述REPhttp://www.embl-heidelberg.de/~andrade/papers/rep/search.html寻找重复序列Coilshttp://www.ch.embnet.org/software/COILS_form.html蛋白质中螺旋区的预测Paircoil2http://groups.csail.mit.edu/cb/paircoil2/蛋白质中螺旋区的预测Multicoilhttp://groups.csail.mit.edu/cb/multicoil/cgi-bin/multicoil蛋白质多重螺旋区的预测PESTfindhttp://www.at.embnet.org/embnet/tools/bio/PESTfind/PEST区域的寻找HLA-bindhttp://bimas.dcrt.nih.gov/molbio/hla_bind/HLA肽段序列结合位点的预测REP查找RepeatfamiliesCOILS翻译后修饰分析翻译后修饰是调节蛋白质功能的重要方式，对蛋白质翻译后修饰的研究可以帮助阐明和了解蛋白质功能及其功能变化，翻译后修饰的预测和分析也日渐成为生物信息学蛋白质序列分析中的重要的研究内容。磷酸化、糖基化、甲基化、乙基化（如组蛋白质）、泛素化和羟基化等等数据库和预测工具翻译后修饰数据库名字网址描述Swiss-Prothttp://expasy.org/sprot/含有蛋白质翻译后修饰信息Phospho.ELMhttp://phospho.elm.eu.org/S/T/Y磷酸化位点的数据库PROSITEhttp://www.expasy.ch/prosite/含有蛋白质翻译后修饰信息HPRDhttp://www.hprd.org/人类蛋白质的综合信息数据库，含有很多翻译后修饰的信息RESIDhttp://www.ebi.ac.uk/RESID/翻译后修饰的数据库O-GlycBasehttp://www.cbs.dtu.dk/databases/OGLYCBASE/O-糖基化数据库dbPTMhttp://dbptm.mbc.nctu.edu.tw/翻译后修饰数据库Phosphositehttp://www.phosphosite.org/Login.jsp磷酸化位点数据库翻译后修饰预测软件名字网址描述Scansitehttp://scansite.mit.edu/扫描翻译后修饰序列模式工具PREDIKINhttp://predikin.biosci.uq.edu.au/pkr/预测翻译后修饰激酶工具NetPhoshttp://www.cbs.dtu.dk/services/NetPhos/预测磷酸化的工具NetPhosKhttp://www.cbs.dtu.dk/services/NetPhosK/预测磷酸化和磷酸化激酶的工具Big-PI-predictionhttp://mendel.imp.ac.at/sat/gpi/gpi_server.html预测GPI的工具GlycoModhttp://www.expasy.ch/tools/glycomod/预测糖基化的工具NetOGlychttp://www.cbs.dtu.dk/services/NetOGlyc/预测O-糖基化的工具NetNGlychttp://www.cbs.dtu.dk/services/NetNGlyc/预测N-糖基化的工具DictyOGlychttp://www.cbs.dtu.dk/services/DictyOGlyc/预测O-糖基化工具YinOYanghttp://www.cbs.dtu.dk/services/YinOYang/预测YinYa...