熟悉又贴切的大木博士再度出现在我们的面前。经过开场的介绍，以及人物的选择我们重新回到城都联盟！下楼与妈妈对话完毕后就可以查看自己的背包、训练卡、以及保存和设置了走出家门，呼吸着若叶镇新鲜的空气，一只可爱的玛丽露迎面跑向主角。呀，原来是副主角的宝贝哦 ~看着它幸福地跟着主人离开⋯⋯回归正题， 来到博士研究所， 与我们的空木博士调侃一番后，该选择我们旅行的神奇宝贝搭档了。离开时博士的助手赠送主角5 个伤药。回家向妈妈道别，并且获得口袋手表。然后我们就应该朝西边的29 号道路出发吧！临行前空木博士将自己的电话号码告诉主角。29 号道路可获得伤药。通过 29 号道路到达吉野市，在一位老爷爷的引导下，大致了解了这座城市。随后从老爷爷那里获得跑鞋，按B 键可以奔跑。在朝 30 号道路行进时，老爷爷过来将地图功能加入到主角的手表。30 号道路可获得伤药， 路途的房屋里的男子对话可获得ぼんぐりケース柑果盒，此后即可在柑果树上采摘柑果了。由于左边道路有两个小孩子在对战，先向右边的小道前行， 进入房屋遇见大木博士， 随后他身边的男子给予主角ふしぎなタマゴ不可思议的蛋，并从博士那获得神奇宝贝图鉴后离开。 出门接到空木博士电话，要求速速返回。在返回的途中遭遇红发少年，并向主角发起了挑战！回到研究所得知神奇宝贝被盗，POLICE录完笔录后，给犯罪的红发少年起名字。并将之前获得的不可思议的蛋交给博士。在 29 号道路路口， 与带着玛丽露的副主角相遇， 他会细心的教你捕捉神奇宝贝，并且给予 5 个宝贝球。此时原先挡在 30 号道路的两个男孩已经散开。从现在开始每遇到一个训练员，在对战结束后对方都会有一定几率要求登记电话号码，登记的话今后他则可能拨电话找主角再次挑战。31 号道路可获得伤药、宝贝球。接下来就是桔梗市，玄关处又遇见副主角，然后获得对战记录器。桔梗市左下方的民房内的男子，可用喇叭芽与他交换大岩蛇。接下来走过架设在河岸的拱桥来到喇叭芽塔。喇叭芽塔内训练师的神奇宝贝主要都是喇叭芽，可获得的道具为麻痹药、 命中胶囊、伤药、穿洞绳。来到顶层，遇见红发少年，看起来似乎被打败了？QUOTE:喇叭芽塔主持神奇宝贝： Lv7 喇叭芽、 Lv7 喇叭芽、 Lv10 咕咕。胜利奖励： TM70 - 闪光恢复一下体力准备挑战桔梗道馆，该道馆使用的为飞行系神奇宝贝。QUOTE:馆主 - 阿速〇神奇宝贝：LV9 波波：撞击 +扔沙LV13 比比鸟：羽休 +撞击 +起风〇...
