NTSYS数据处理方法VIP专享VIP免费

NTSYS-PC 使用说明 1.生成矩阵：在ex cel 按如下规则输入数据，A1=1 表示数据类型为矩阵，B1=4 表示扩增的总条带数（行数），C1=6 表示样本数（列数），D1=0 表示无缺失数据。第二行表示的是样本名称。从第三行开始的A 列表示引物名称。见下图： 输入完毕后，将文件以Microsoft ex cel 5.0/95 工作薄的格式存盘。此处称为“样例文件.x ls” 2、打开 出现如下界面： 3、点击 File— Open file in grid，如图示： 4、点击“打开” ,如图示。点击 File— Sav e file as 保存文件，此处称为“样例文件.NTS” 5、生成系统树：打开 NTSYS-PC 程序，点击 similarity 出现如下界面： 再点击 Qu alitativ e data，出现下面的界面： 点击inpu t file，打开生成的样例文件.NTS，点击ou t file 起一个文件名（假设叫A），然后点击compu te 按钮。继续点击clu stering，出现下面的界面， 再点SHAN，出现如下界面： 点击inpu t file，打开文件A，点击ou t file 起一个文件名 B，将 in case of ties 中的 WARN 改为 FIND 然后点击compu te 按钮.出现如下界面： 点击上图中右下角的图标，即可生成聚类图如下： 图中的Matrix 数值可调，具体作用不清楚。系统默认样本数为30，若样本数量较多，可点击options—plot options 出现如下界面： 此处可调节样本数量、字体大小、图形中线条的粗细和颜色及标题。 6、生成 meg 文件：数据处理过程中产生的文件 B 是遗传相似系数 I，根据 D=1-I 在 ex cel 中计算得遗传距离 D,如图示： 将遗传距离 D 由“遗传距离.x ls”另存为“遗传距离.tx t”文件。将遗传距离.txt”修改为如图示的文件。再将其另存为“遗传距离.meg”格式文件。 7、生成聚类图：双击文件“遗传距离.meg”，出现如下界面： 点击Phylogeny—Construct Phylogeny—Neighor-Joining(NJ) [此处根据需要选择NJ、ME、UPGMA 任一种聚类方法]，出现如下界面： 如上图示，点击Compu te 即可做出聚类图，如下图示： 点击view—Tree/Branch Style—Traditional/Radiation/Circle 选择所需聚类图形状。 在设置中可修改图中线条的粗细、颜色以及样本的代表形状、颜色等。