第十三章 微生物物种的多样性 生物多样性包括遗传多样性、物种多样性和生态系统多样性等
它们是由进化而形成的，不仅直接为人类提供了食品、药物、纺织品、燃料、材料等，而且还通过参与物质循环来维持地球上生命所必需的生存环境
因此，保护生物的多样性，就是保护人类自己
微生物多样性是生物多样性的重要组成部分，而且有其独特之处，起着不可替代的作用
前几章已对微生物遗传多样性、生态系统多样性等作了阐述
本章将阐明其物种的多样性，简要的介绍原核微生物(真细菌、古生菌)和真核微生物(真菌、粘菌、单细胞藻类、原生动物)的多样性
第一节 真细菌的多样性 一、 真细菌系统发育总观 对细菌的系统发育以往的概念是根据类群的表型特征(主要是形态特征和生理生化特征及少量的遗传特征)来判断它们的系统发育和进化途径
而通过细菌 16s rRNA的序列分析已经揭示出，不同细菌本身保守的16SrRNA寡核苷酸序列才是识别系统发育的标记
据此，细菌的系统发育包括12个独特的类群(图 13-1)
图 13-1 细菌的系统发育树 类群 1
紫色光合细菌及其有关细菌： 目前将类群 1称为变形细菌(Proteobacterium)
是细菌中包括的属最多而且在生理特性上最具有多样性，由 α 、β 、γ 、δ 、和 ε 5个亚门组成
其中能进行光合作用的紫色细菌包括在 α 、β和 γ 3个亚门中，但一些有机化能营养的属，如：埃希氏菌属、假单胞菌属、醋单胞菌属和一些无机化能营养的属，如：硝化杆菌属、亚硝化单胞菌属、贝日阿托氏菌属等也包括在这 3个亚门中
δ 和 ε 2个亚门只包括非光合作用的细菌
尽管所有的肠道细菌、大多数的假单胞菌、自生和共生固氮细菌以及大多数化能无机营养细菌在形态、生理和生态分布的表型上与紫色细菌有明显的区别，但是，在系统发育上却都与紫色细菌有关
由紫色细菌谱系可以引申出各种各样在生理特性和生态分
