实习五:系统发育分析- PHYLIP,MEGA, MrBayes 学号姓名专业年级实验时间提交报告时间实验目的:1. 学会使用 PHYLIP,MEGA和 MrBayes构建进化树2. 学会分析建树结果,体会各种方法差异实验内容:系统发育( phylogeny)也称系统发展,是与个体发育相对而言的,它是指某一个类群的形成和发展过程。系统发育学的目的是研究进化关系,系统发育分析就是要推断或者评估这些进化关系。通过系统发育分析所推断出来的进化关系一般用分枝图表(进化树) 来描述,这个进化树就描述了同一谱系的进化关系,包括了分子进化(基因树) 、物种进化以及分子进化和物种进化的综合。多序列比对的目标是发现多条序列的共性。本次实验旨在使用PHYLIP,MEGA和 MrBayes构建进化树,并通过分析构树的结果,了解各方法的差异性。作业:1. List the title of the orthologous nucleotide and protein sequences you found from Practice 1. Build phylogenetic trees with PHYLIP, MEGA and MrBayes respectively. Make a simple comparison the trees you have got, and try to explain the difference. 核酸序列使用的是来自Trifolium repens(白车轴草) 硬粒小麦(Triticum durum )Camellia sinensis( 山茶)Cicer arietinum(鹰嘴豆) 及 Glycine max(大豆) dehydrin 的编码脱水素 (dehydrin )的 DNA 序列,这些物种将分别以TF,TC,Cam,Cic 及 Gly 表示;首先对于 PHYLIP中的关系,通过五种算法的构树结果可以发现其树形的差异不大。尤其是在FM,NJ,UPGMA 三种算法中,五个物种的亲缘关系显示出较强的一致性,这大概是由于这三种方法都是基于距离法(Distance Method )的基础上;其次若把FM 法树形的从上到下的五个位置分别标号①-⑤(图),可以发现三种树形中只有UPGMA 中的①和②位置有差别。实际上这种差别来自于UPGMA 算法的特点: 具有最近缘关系的两物种到父节点的距离相等,且等于这两物种距离的一半,其次在这个基础上再添加其他物种,而据枝长的等长不难看出,两物种一旦被确定为“近邻”,它们的位置颠倒与否都是等价的(即在例子中表现为Cam 和 Gly 分别在①位和②位,与其分别在②位和①位是等价的 )。因此,从本质上讲由PHYLIP构建的 FM,NJ,UPGMA 三树无差异。同理,在MEGA 软件据 UPGMA 与 NJ 构建的树形中(如图) ,树形也无太大差异,Cic ...