实习五：系统发育分析－ PHYLIP，MEGA, MrBayes 学号姓名专业年级实验时间提交报告时间实验目的：1. 学会使用 PHYLIP，MEGA和 MrBayes构建进化树2. 学会分析建树结果，体会各种方法差异实验内容：系统发育（ phylogeny）也称系统发展，是与个体发育相对而言的，它是指某一个类群的形成和发展过程。系统发育学的目的是研究进化关系，系统发育分析就是要推断或者评估这些进化关系。通过系统发育分析所推断出来的进化关系一般用分枝图表（进化树） 来描述，这个进化树就描述了同一谱系的进化关系，包括了分子进化（基因树） 、物种进化以及分子进化和物种进化的综合。多序列比对的目标是发现多条序列的共性。本次实验旨在使用PHYLIP，MEGA和 MrBayes构建进化树，并通过分析构树的结果，了解各方法的差异性。作业：1. List the title of the orthologous nucleotide and protein sequences you found from Practice 1. Build phylogenetic trees with PHYLIP, MEGA and MrBayes respectively. Make a simple comparison the trees you have got, and try to explain the difference. 核酸序列使用的是来自Trifolium repens（白车轴草） 硬粒小麦（Triticum durum ）Camellia sinensis（ 山茶）Cicer arietinum（鹰嘴豆） 及 Glycine max（大豆） dehydrin 的编码脱水素 （dehydrin ）的 DNA 序列，这些物种将分别以TF，TC，Cam，Cic 及 Gly 表示；首先对于 PHYLIP中的关系，通过五种算法的构树结果可以发现其树形的差异不大。尤其是在FM，NJ，UPGMA 三种算法中，五个物种的亲缘关系显示出较强的一致性，这大概是由于这三种方法都是基于距离法（Distance Method ）的基础上；其次若把FM 法树形的从上到下的五个位置分别标号①-⑤（图），可以发现三种树形中只有UPGMA 中的①和②位置有差别。实际上这种差别来自于UPGMA 算法的特点： 具有最近缘关系的两物种到父节点的距离相等，且等于这两物种距离的一半，其次在这个基础上再添加其他物种，而据枝长的等长不难看出，两物种一旦被确定为“近邻”，它们的位置颠倒与否都是等价的(即在例子中表现为Cam 和 Gly 分别在①位和②位，与其分别在②位和①位是等价的 )。因此，从本质上讲由PHYLIP构建的 FM，NJ，UPGMA 三树无差异。同理，在MEGA 软件据 UPGMA 与 NJ 构建的树形中（如图） ，树形也无太大差异，Cic ...
