第一步：打开软件 下面介绍菜单的使用： Data 菜单： Creat a new ：创建一个新的数据比对文件，也就是说当我们比对完一组后，想接着 比对另一组，那么使用它就可以不用退出直接把数据文件导入； Open ：打开先前已经比对并保存好的文件，它包含两个子菜单： retive sequence from file 和 saved aligment session ； Close: 关闭当前的比对数据文件； Save session ：保存当前比对结果，可以给比对的结果一个文件名； Export alignment ：将当前的序列比对结果输出到指定文件，有两种输入格式可供选 择：MGTA 和FASTA. DNA sequence ：使用它来选择输入的数据 DNA 序列，这里需要说明的是如果你输入的 数据是氨基酸序列的话，比对窗口只显示一个标签，若是 DNA 序列的话则显示两个标 签，一个是 DNA 序列的，另一个是氨基酸序列的。 Protein sequences ：选择输入的氨基酸序列，选择后，所以的位点就被当作氨基酸残 基位点来对待。 Translate/untranslate ：只有比对的序列是编码蛋白的 DNA 序列的时候才可用。它可以 根据指定的遗传密码表将 DNA 序列翻译成特定的氨基酸序列。 Select genetic code table ：使用它将编码蛋白的 DNA 翻译成特定的蛋白序列。 R everse complement ：将选择的一整行的 DNA 序列变为与之互补配对碱基序列。 Exit alignment explorer ：退出序列比对的资源管理窗口 Edit 菜单： 使用这个菜单可以对我们的比对序列进行想要的一些编辑工作具体为 Undo：撤销上一步操作； Copy：复制；Cut：剪切； Paste：粘贴；这三个操作都可以只针对一个碱基或 氨基酸残基也可以是一段甚至是整个序列； Delete：从比对表格中删除一段序列； Delete gaps：去掉序列中的空缺； Insert blank sequence：重新插入一空行；标签和序列都是空的； Insert sequence from file ：从已保存的文件中插入新的序列； Select sites ：选择 一列序列，与点击比对表上方的灰白空格作用类似； Select sequence：选择一行序列，与点击比对表格左侧的标签名作用类似； Select all：全选； Allow base editing ：只读保护，只有选择后才能对序列进行编辑操作，否则 所以的序列为只读格式，不能进行任何编辑操作。 Search 菜单： 用来快捷查找序列中的标记未定或者目的碱基或残基。 Find motif ：输入你想要查看的一小段序列。找到后会以黄色标...
