下载后可任意编辑SNP 开发/验证的讨论方法和技术路线1 分子标记: 分子标记, 我想这部分是我们分子标记组最核心的任务。现在, 我们没有任何可用的标记检测我们的定位材料。即使想要验证已经定位的 QTLs, 我们也需要相对应的区间内的分子标记, 特别是 SNP 标记。1.1 全基因组 SNP—Affymetrix 芯片: 一套完整的全基因组的 SNP 芯片, 相对于 Douglas 体系, 其操作简单, 高通量。能够直接对定位群体进行初定位的扫描或是对育种材料的背景进行分析。在国家玉米改良中心, 有一套 3k 的Illumina 芯片, 就是用来对玉米材料进行高通量检测, 基因型检测结果一般能够用来 QTLs 初定位, 育种材料的群体划分与纯度鉴定以及低密度的关联分析等。在此, 我建议我们应该开发一套番茄基因型检测的芯片。当前, 只是查找到 Illumina 芯片有一套全基因 SNP 信息, 包含 7,720 条探针。而 Affymetrix 公司当前并没有相应的产品。可是经过跟 Affymetrix 公司了解, 能够利用 Illumina 芯片已有的结果进行开发。番茄当前测序结果显示其全基因组大小为~760Mb, 而玉米为~2,500Mb, 可是她们包括的基因数目~30,000 个, 整体情况相近。另外, 番茄作为自交植物, 其 LD 的衰减值应该更大, 有效的历史重组会更少, 遗传多样性低。因此, 综合考虑, 我建议我们能够开发~3k 芯片, 应该能够满足大多数讨论材料、 育种材料的基因型检测需求。虽然当前下一代测序技术蓬勃进展, 可是对于用于基因型检测来讲, 其数据分析与成本相对于芯片都要更复杂和更下载后可任意编辑高。总之, 我们番茄处于刚刚进展阶段, 我认为就基因型检测方面, 芯片有其很高的应用价值。即使像玉米, 这样测序技术进展很多年的材料, 芯片技术也在应用。1.2 全基因组 SNP—Douglas: 当用 Affymetrix 芯片检测鉴定完番茄基因型并完成基因型分析之后, 1) 对于优良的 QTLs 或是基因, 我们能够直接选择覆盖整个区间的分子标记运行 Douglas 系统进行分子标记辅助育种, 2) 对于需要进一步验证的 QTLs, 我们也能够利用 Douglas 系统只检 测 材 料 覆 盖 定 位 区 间 的 基 因 型 , 而 不 需 要 再 一 次 利 用Affymetrix 芯片或是其它方法进行全基因检测( 图 1.1) 。3) 对于一些高信息量, 均匀分布在全基因的 SNP 分子标记, 能够用来构建番茄的指纹图谱。因此, 一套完整能够与 Affymetrix 芯片相对应...
