引物探针设计简介 已有 2993 次阅读 2009-1-1 20:48 |个人分类:课堂集锦|系统分类:科研笔记 1．寡聚核苷酸引物的选择，通常是整个扩增反应成功的关键
所选的引物序列将决定 PCR产物的大小、位置、以及扩增区域的 Tm 值这个和扩增物产量有关的重要物理参数
好的引物设计可以避免背景和非特异产物的产生，甚至在 RNA-PCR 中也能识别 cDNA 或基因组模板
引物设计也极大的影响扩增产量：若使用设计粗糙的引物，产物将很少甚至没有；而使用正确设计的引物得到的产物量可接近于反应指数期的产量理论值
当然，即使有了好的引物，依然需要进行反应条件的优化，比如调整 Mg2+浓度，使用特殊的共溶剂如二甲基亚砜、甲酰胺和甘油
计算机辅助引物设计比人工设计或随机选取更有效
一些影响 PCR 反应中引物作用的因素诸如溶解温度、引物间可能的同源性等，易于在计算机软件中被编码和限定
计算机的高速度可完成对引物位置、长度以及适应用户特殊条件的其他有关引物的变换可能性的大量计算
通过对成千种组合的检测，调整各项参数，可提出适合用户特殊实验的引物
因此通过计算机软件选择的引物的总体“质量”（由用户在程序参数中设定）保证优于通过人工导出的引物
需要指出的是，引物不必与模板完全同源，因此可包含启动子序列、限制酶识别位点或5'端的各种修饰，这种对引物的修饰不会妨碍 PCR 反应，而会在以后使用扩增子时发挥作用
2．基本 PCR 引物设计参数 引物设计的目的是在两个目标间取得平衡：扩增特异性和扩增效率
特异性是指发生错误引发的频率
特异性不好或劣等的引物会产生额外无关和不想要的 PCR 扩增子，在 EB 染色的琼脂糖凝胶上可见到；引物效率是指在每一PCR 循环中一对引物扩增的产物与理论上成倍增长量的接近程度
①引物长度； 特异性一般通过引物长度和退火温度控制
如果 PCR 的
