用GOLD 进行对接 1 ． 使用 Wizard 进行对接：进入后直接选择wizard 2. 按照给出的流程一步一步做就行了： 首先选择用来对接的蛋白： 然后选择下一步对蛋白进行准备： 选择Global Option 旁边的 3MXF 点 Add Hy drogens 进行加氢处理 点Protonation & Tautomers 下面的 Extrace/Delet Waters 可以选定对接时想保留的水分子（可以从主窗口中点选） 勾选后选择 以取出对接时想保留的水，保存 然后点 删掉剩余的水分子。 然后再进行下一步，可以删除和保留 PDB 里的ligand 与上一步水分子一个道理，可以取出 ligand（可用来检查对接的重现性） 下一步 Define the binding Site 选中ligan d 后定义结合位点，此时该ligan d 周围的残基变成灰色 下一步对接采用的模板，直接跳过 然后就可以选用来对接的分子了： 单击 add 添加想要用来对接的分子 然后下一步选用对接的评分函数，这里选择默认的 GoldScore 然后选择遗传算法的速度 也可以点More 进行进一步的调整 然后就 Finish 了 点Run GOLD 后，选择储存的路径等等，就可以运行了。 3．但是，其实可以做一些调整设置，我们这里点Advanced，就变成了一开始的GOLD Setup，但不用惊慌，之前的设置已经保存在里面了（其实一开始就可以在这里进行设置） 我们这里选Output Options，取消对于 Save lone pairs 的勾选 这样的话，输出的结果文件就不会有lone pair 了（感兴趣的读者可以试试不取消这一项，在maestro 中打开输出结果是什么样的） 另外，也可以根据需要在这里做其他方面的设置。 By Zhouyang 2014/03/05
