CoMFA的操作指南

第一部分 CoMFA 的操作步骤 首先，启动Terminal，键入sybyl7.3 回车，启动Sybyl 软件。 步骤1：分子的准备 新建数据库 在如下的下拉菜单中选择 New。 为新数据库命名，所有数字和字母以及划线的组合均可。 绘制分子结构 在如下的下拉菜单中选 Sketch Molecule。 选择一个空白的分子区域，比如M 1。M 这里是分子的简写。 随即弹出如下三个对话框，从上到下分别表示结束绘制、画板、原子类型对话框。用它们可以完成所有分子的绘制。 分子画好之后，为分子命名。在如下对话框中选 Name Molecule。 键入分子的名称，所有数字和字母以及划线的组合均可。 打开刚才新建的数据库，点击如下菜单中的Open。 选择刚才的数据库名称，OK。 点UPDATE，OK。这样该数据库就激活了。 把刚刚命名的分子保存在该数据库中，点击如下菜单中的 Pu t Molecu le 就可以了。 步骤2 ：分子的优化 按照上诉方法绘制的分子，很可能不是分子的稳定构象。在受体未知的情况下，通常取分子的低能构象为它的活性构象。分子构象的选择在 CoMFA 的研究中非常重要。这里演示分子低能构象的两种优化方法。 方法一：Minimize 这是一种局部低能构象搜索方法。调出要优化的分子后，直接点击如下菜单中的Minimize。 在 Minimize 的对话框中，把 Max Iterations 改为 1000，点击 Modify，弹出另一对话框。 修改Charges 选项为Gasteiger-Hu ckel，点OK。其它参数不变。 点OK，开始优化。把优化后的构象保存，可以取代原有构象。 方法二：Random Search 这是一种全局低能构象搜索方法。选择如下菜单中的 Random Search。 弹出如下对话框，命名搜索工作名称，OK。开始搜索。保存结果，替代原分子。 优化的结果要通过菜单调出。点击下面菜单中的 Random Search，选择刚才命名的工作名称，搜索的结果通过 MSS 显示出来。 步骤3 ：分子的叠合 这一步是由CoMFA 方法本身决定的。 该步也是影响CoMFA 结果的重要步骤。叠合方法也很多，具体看文献。这里演示最常用的Database Alignment。 在下面对话框中分别导入要叠合的数据库、模版分子、公共结构，其它参数不变，如下图所示，点 GO。 叠合后的分子形成一个新的数据库，命名并保存，准备做CoMFA 研究时用。 步骤 4：进行 CoMFA 研究 在如下菜单中选择 New 。 选择 Database，点击 OK。 键入或选择刚才存放叠合后分子的数据库名称，点击OK。 包含分子的电子表格...