Discover模块动力学模拟

第 3 章 铁基块体非晶合金-纳米晶转变的动力学模拟过程 3.1 Discover 模块动力学模拟 3.1.1 原子力场的分配 在使用 Discover 模块建立基于力场的计算中，涉及几个步骤。主要有：选 择力场、指定原子类型、计算或指定电荷、选择 non-bond cutoffs。 在这些步骤中，指定原子类型和计算电荷一般是自动执行的。然而，在某些 情形下需要手动指定原子类型。 原子定型使用预定义的规则对结构中的每个原子 指定原子类型。 在为特定的系统确定能量和力时， 定型原子使工作者能使用正确 的力场参数。 通常， 原子定型由 Discover 使用定型引擎的基本规则来自动执行， 所以不需要手动原子定型。然而，在特殊情形下，人们不得不手动的定型原子， 以确保它们被正确地设置。 图 3-1 调出选择原子窗口 图 3-2 选择原子窗口 计算并显示原子类型：点击 Edit→Atom Selection，如图 3-1 所示。弹出对话 框， 如图 3-2 所示。从右边的„的元素周期表中选择 Fe，再点 Select，此时所建 晶胞中所有 Fe 原子都将被选中，原子被红色线圈住即表示原子被选中。再编辑 集合，点击 Edit→Edit Sets，如图 3-3、 3-4 所示。 图 3-3 编辑集合 图 3-4 设定新集合 弹出对话框见图 3-4，点击 New...，给原子集合设定一个名字。这里设置为 Fe，则 3D 视图中会显示“Fe”字样，再分配力场：在工具栏上点击 Discover 按 钮 ， 从下拉列表中选择 Setup，显示 Discover Setup 对话框，选择 Typing 选项 卡，见图 3-5。 图 3-5 给原子添加力场 在 Forcefield types 里选择相应原子力场，再点 Assign（分配）按钮进行原子 力 场 分 配 。 注 意 原 子 力 场 中 的 价 态 要 与 Properties Project 里 的 原 子 价 态 （ Formalcharge）一致。 3.1.2 体系力场的选择 点击 Energy 选项卡，见图 3-6。 图 3-6 Energy 选项卡 图 3-7 力场下拉菜单 力场的选择： 力场是经典模拟计算的核心， 因为它代表着结构中每种类型的原子与围绕着 它的原子是如何相互作用的。对系统中的每个原子，力场类型都被指定了，它描 述了原子的局部环境。 力场包括描述属性的不同的信息， 如平衡键长度和力场类 型对之间的电子相互作用。常见力场有 COMPASS、CVFF 和 PCFF。 Select 下拉菜单中有三个选项，见图 3-7： ①COMPASS 力场：COMPASS 力场是第一个把以往...