Gblocks使用说明书byflorawz1VIP专享

Gblocks 使用说明书（by florawz） 1.首先打开软件，进入主页面 2.输入O ，然后回车 ，对话框显示输入一个文件或路径 此时将比对好的（.fas）文件拖入对话框。对话框即出现该文件的路径（如图） 按回车，即导入该序列。对话框上部出现下列信息 3.快速比对：输入G，然后回车。在原比对文件所在文件夹内即可出现 Gblocks已经处理好的文件 .fas-gb 文件可用Bioedit和DNAMAN 打开。 打开.htm 文件，可查看可视化的处理结果（如图） 4.主菜单： t. 指定的序列类型（可以是蛋白质,DNA 或者密码子）。 输入一个 t，回车。序列类型改为 Condons 再输入一个 t，回车。序列类型改为 DNA（如此循环修改） o. 打开一个文件。必须为 NBRF/PIR 或 FASTA 格式 ，序列长度不限。打开 NBRF/PIR-格式的序列时，在序列备注第一行要注明序列类型 如： >P1;byflorawz ------MEYLLQEYLPILVFLGMASALAIVLILAAAVIAVRN--PDPEKVSAYECGFNAF D-DARMKFDVRFYLVSILFIIFDLEVAFLFPWAVSFASLS-DVAFWGLMVFLAVLTVGFA YEWKKGALEWA----------------------* (fas 格式则不需要，第一行直接为>byflorawz即可) 注意：在使用 Glocks 分析前，序列缺口必须先消除。 在将比对文件拖进改软件时，要去路径掉末尾的空格。 打开多个文件 ：必须建立一个path 文件。输入各个相关文件的路径，在安装好的文件包内可以看到一个"paths"范例，用 word 打开此文件，即可看到各个文件的所在路径（如图） 多条比对序列的处理：如果所有的比对文件的路径都在一个paths 文件，且各个比对文件的序列条数，以及物种的顺序都是相同的，那么这些比对文件在最后的结果中可以连接起来。如果各个比对文件的序列条数不同，那么也可以一起处理，但是最后不能连接。 b. 显示 Block 限制性参数 (详情见下页). s. 显示保存菜单(详情见下页). g. 处理计算 q. 退出 5 .限定性参数菜单 1. 设置保守区域内的保守序列的至少数量, 必须大于序列个数一半，数值越大，所挑选的保守位点越少 7 个序列设置参数为 5 7 个序列设置参数为 4 7 个序列设置参数为 6 2. 设置保守区域两侧位置的保守序列的最少数量，必须大于或等于1 所设置的值，这个值越大，所选择的保守位点越少 7 个序列设置参数为6 7 个序列设置参数为5 3.保守区内一段非保守区的最大范围，数值越大，选择的保守位点越多。 设置为4 时（5-6-4-10） 设置为5 时（5-5-5-10） （5-5...