三种SNP芯片介绍

SNP 芯片的原理Illumina的SNP 芯片原理Illumina的SNP 生物芯片的优势在于：第1，它的检测通量很大，一次可以检测几十万到几百万个SNP 位点第2，它的检测准确性很高，它的准确性可以达到99.9%以上第3，它的检测的费用相对低廉，大约一个90万位点的芯片（每个样本的）检测费用在一、两千人民币Illumina的生物芯片系统，主要是由：芯片、扫描仪、和分析软件组成。Illumina的生物芯片，由 2部分组成：第1是玻璃基片，第2是微珠。这个玻璃基片，它的大小和一张普通的载玻片差不多大小，它起到的作用，就是给微珠做容器。在这个玻璃基片上，通过光蚀刻的方法，蚀刻出许多个排列整齐的小孔。每个小孔的尺寸都在微米级，这些小孔是未来容纳微珠的地方。小孔的大小与微珠正好相匹配，一个小孔正好容纳一个微珠。微珠是芯片的核心部分，微珠的体积很小，只有微米级。每个微珠的表面，都各偶联了一种序列的DNA片段。每个微珠上，有几十万个片段，而一个珠子上的片段，都是同一种序列。这些 DNA片段的长度是 73个碱基，而这 73个碱基又分成 2个功能区域。靠近珠子的这一端的 23个碱基的序列，被称为 Address序列，它也是 DNA片段的 5'端。它是标识微珠的标签序列。标签序列，通过碱基的排列组合，得到许多可能，每种序列，就是相应微珠的身份证号码（ID号）。DNA片段上离珠子远的那一端的 50个碱基，也就是 3'端的序列，被称作 Probe序列，它的作用，是与目标 DNA进行互补杂交。一种 Address序列，就对应了一种 probe序列。它们之间有着一一对应的关系。在 Illumina生产芯片的过程当中，是把要做芯片的几十万种微珠，按设定的比例进行混合好，撒到玻璃基片上。微珠随机地落入基片的小孔当中，然后，通过检测芯片上每个小孔当中的微珠上的 Address序列，就可以知道，这个小孔当中是哪种微珠。又因为 Address序列和 Probe序列有着一一对应的关系，这样，也就知道了每个小孔当中，有哪种 Probe。反过来说，也就知道了每种 Probe分布在哪几个小孔中了。所以，Illumina公司出厂的每一张芯片，都要跟一个“.dmap”文件。这个.dmap文件，标注了每一张芯片上，每一个微孔当中，分别是哪种微珠。用户做完芯片实验，得到扫描数据后，要从Illumina的网站上下载这张芯片的对应 dmap文件，然后才能解读这张芯片。在一张芯片的一个反应（样本位）当中，每种珠子平均有约15颗或更多。说完了 Address序列的功能，接着我们来说 Probe序列的功能。Ill...