三种常用分子模拟软件介绍

三种常用分子模拟软件介绍 一、NAMD NAMD（NAnoscale Molecular Dynamics）是用于在大规模并行计算机上快速模拟大分子体系的并行分子动力学代码。NAMD 用经验力场，如 Amber，CHARMM 和 Dreiding，通过数值求解运动方程计算原子轨迹。 1. 软件所能模拟的体系的尺度，如微观，介观或跨尺度等 微观。 是众多 md 软件中并行处理最好的，可以支持几千个 cpu 运算。在单机上速度也很快。 模拟体系常为为 10,000-1,000,000 个原子。 2. 软件所属的类型，如 MD，DPD，DFT，MC，量化，或交叉等 全原子md，有文献上也用它做过 cgmd。 3. 软件能研究的相关领域，使用者的背景最好是？ 使用的力场有 charmm,x-plor,amber 等，适合模拟蛋白质，核酸，细胞膜等体系。 也可进行团簇和 CNT 系统的模拟 软件原理经典，操作简单。但需要对体系的性质足够了解。 4. 软件中主要涉及的理论方法范畴 经典的 md，以及用多种方法计算自由能和 SMD 模拟。 数据分析时候一般很少涉及复杂的热力学和统计热力学的原理，但知道一些最好。 5.软 件 主 要 包 含 的 处 理 工 具 namd 是 计 算 部 分 ，本 身 不 能 建 模 和 数 据 分 析（ unix 的 哲 学 kiss）。但 vmd 同 namd 系 出 同 门 ， 已 同 namd 实 现 无 逢 链 接 。 vmd 的 tcl 脚 本 一 定 要 搞 懂 ， 别 的 就 不 多 介 绍 了 。 [2] 6.与 此 软 件 密 切 相 关 的 软 件 vmd， 及 其 他 数 据 统 计 分 析 软 件 （ excel， OOo-calc 等 足 够 了 ） NAMD 在 window 环 境 下 的 编 译 安 装 1.下 载 NAMD_2.7b2_Win32 2.解 压 到 任 意 目 录 下 （ 建 议 最 好 直 接 是 C： 或 D： 下 ） 3.添 加 windows 的 环 境 变 量 ： 右 键 单 击 我 的 电 脑 ----属 性 -----高 级-----环 境 变 量 (在 右 下 角 )-----在 系 统 的 Path 变 量 里 添 加 你 NAMD 所 在 文件 夹 ， 比 如 我的 %SystemRoot%\system32;%SystemRoot%;%SystemRoot%\System32\Wbem;C:\ProgramFiles\CommonFiles\ThunderNetwork\KanKan\Codecs; C:\NAMD_2.7b2_Win32 注 意 ： 添 加 的 变 量 名 称 要 和 文 件 夹 得 名 称 一 致 （ 如 果 文 件 夹 得 名 称你 改...