精品文档---下载后可任意编辑NF-κBDNA 结合谱及其数据库构建和分析开题报告开题报告一、讨论背景及意义NF-κB 是细胞因子信号途径中的一个主要转录因子，它参加许多细胞功能和疾病的调控，如细胞生长、分化、免疫应答、炎症及肿瘤
NF-κB 的活性受到多种信号刺激的调控，其中重要的是 DNA 结合亚基的表达及其与 DNA 结合的特异性
因此，讨论 NF-κB 与 DNA 结合谱的组成、特征及其与 NF-κB 生物学功能和疾病关联的讨论是非常重要的
近年来，高通量测序技术和生物信息学分析方法的进展，使得大规模的 NF-κB-DNA 结合谱数据来得越来越容易
建立基于这些数据的完整、可视化、可查询的数据库，将有助于该领域的讨论人员更好地利用和理解这些数据，促进 NF-κB-DNA 结合谱的讨论和应用
因此，本文将建立一个 NF-κB-DNA 结合谱的数据库并进行初步的生物信息学分析，具体包括以下内容：1
构建 NF-κB-DNA 结合谱数据库；2
对数据库中的数据进行质量控制、清理和处理；3
对结合位点进行分析并发现其特征及生物功能；4
利用基于位置权值矩阵（PWM）的方法，预测和验证新的 NF-κB 结合位点
二、讨论内容和方法（1）NF-κB-DNA 结合谱数据库的构建从公共数据库如 ENCODE、GEO 等猎取已有数据，并自行进行实验得到新的数据，筛选标准为: NF-κB 绑定位点的确定性和特异性高
（2）数据库中数据的质量控制与处理对于已获得的结合位点数据，进行统计分析和探究式分析，对数据进行清洗和筛选，根据一定的标准和规则，分析样品间的相似性和差异性，消除误差，保证数据质量
（3）结合位点特征及生物功能分析通过生物信息学和统计学的分析方法，对已有数据中的 NF-κB DNA结合位点进行分析，并从 DNA 序列和细胞类型等方面讨论结合位点的分精品文档---下载
