精品文档---下载后可任意编辑NF-κBDNA 结合谱及其数据库构建和分析中期报告NF-κB 是一种转录因子，广泛参加细胞核因子因子-κB（NF-κB）信号转导途径，转录出多种细胞信号转导相关基因。NF-κB 在免疫系统和炎症反应过程中扮演重要角色，对炎症性疾病，骨骼肌疾病，心血管疾病以及癌症等疾病的发生进展有极其重要的作用。因此，讨论 NF-κB 结合 DNA 的偏好性和识别特征，有助于深化了解 NF-κB 的功能机制以及相关疾病的治疗方法研发。为了构建 NF-κB 结合 DNA 序列的数据库，我们使用了大量已知的NF-κB 结合位点序列，并利用公共数据库（如 TRANSFAC 和 JASPAR）筛选信噪比高的数据。在整理数据时，我们根据生物学上的分类标准，将不同种类的细胞中的 NF-κB 结合 DNA 分为不同的亚组。并对不同亚组中的数据进行系统性的统计和分析。首先，我们通过使用 WebLogo 和 Matlab 画出了共有 2838 个 NF-κB 结合位点的保守序列。此外，我们利用 Motif enrichment 分析出NF-κB 结合位点中最富含的 KLF4 和 AP-1 图案。在对不同细胞亚组中的数据进行比较时，我们发现了足够的相似性，表明 NF-κB 结合 DNA 的结构相似、功能一致。然后，我们进一步分析了 NF-κB 结合位点周围区域的序列特征。我们发现 NF-κB 结合位点周围区域存在较强的 AT 富集性，而且 AT 富集度可能与其细胞类型有关。此外，我们还发现在某些细胞类型中 NF-κB 结合位点周围序列出现的 CREB 和 SP1 结构具有明显特点。最后，我们计划使用机器学习的方法来构建优化的 NF-κB 结合 DNA序列预测模型，并将其应用于相关的生物学讨论。
