10分钟教你掌握分子对接模拟软件(医药向)

图）首先介绍一下自己吧，本人毕业于南方某知名大学药学系，目前于澳门科技大学攻读硕士研究生。从本科开始自己就在接触（计算机辅助药物设计）方面的软件知识，在此将分享一些自己的纯干货！下面将以一个实例操作带大家迅速认识和掌握分子模拟对接，希望给各位从事医药行业和药物化学合成的同学带来帮助。话不多说，下面进入正题。首先我们搞清楚一个概念：什么是分子模拟对接。分子模拟对接简单来说就是利用电脑软件将受体蛋白与配体分子进行模拟对接，计算它们的结合能（）大小来判断结合是否紧密，若结合效果比较理想，那么该蛋白受体或配体则是我们理想的分子，可以进一步进行实验室操作，避免盲目实验带来的人力经济损失。接下来我将介绍一下本篇文章的主角，也是我们所要用到的软件、以及。为了便于理解，简要概括之：为化合物分子绘图软件；为算法搭载软件，能够调用其算法直接进行模拟对接；是为对接结果成像软件，可以进一步分析其结构。下面正式进入正题，我将大致分为三个板块来进行推进：受体配体的准备；分子对接；结果分析。研究类型为：已知若干配体分子结构，通过受体蛋白测试配体分子活性。本次筛选意在以酶为受体，从种与常见氨基酸形成环二肽的目标化合物中筛选出与酶受体结合最为紧密的一种环二肽结构，大大减少了随机筛选的盲目性，有利于进一步研究该类化合物分子的生物学活性与改造成抗帕金森疾病前药的可能。图展示了种不同环二肽结构物质的统一结构，随着基团的不同，所对应的氨基酸也不同。而表则展示了种不同环二肽的分子式。分子表 1 待筛选的种配体分子配体名称Cycol[DOPA(6-NO2)-Ala]Cycol[DOPA(6-NO2)-Arg]Cycol[DOPA(6-NO2)-Asn]Cycol[DOPA(6-NO2)-Asp]Cycol[DOPA(6-NO2)-Cys]Cycol[DOPA(6-NO2)-Gin]Cycol[DOPA(6-NO2)-Glu]Cycol[DOPA(6-NO2)-Gly]Cycol[DOPA(6-NO2)-His]Cycol[DOPA(6-NO2)-Ile]Cycol[DOPA(6-NO2)-Leu]Cycol[DOPA(6-NO2)-Lys]Cycol[DOPA(6-NO2)-Met]Cycol[DOPA(6-NO2)-Phe]Cycol[DOPA(6-NO2)-Pro]Cycol[DOPA(6-NO2)-Ser]Cycol[DOPA(6-NO2)-Thr]Cycol[DOPA(6-NO2)-Trp]Cycol[DOPA(6-NO2)-Tyr]Cycol[DOPA(6-NO2)-Val]一、受体配体的准备首先谈谈受体分子的准备工作。一般来讲，受体分子作为目标靶点，在我们人体内通常以大分子蛋白质的形式存在，而数据库则覆盖了世界上的人源、鼠源等的蛋白数据。我们打算在该网站上下载一个简单不含辅酶的蛋白，我们选择了代码为的酶(基于配体分子靶标为酶从而...