首先介绍一下自己吧，本人毕业于南方某知名 211 大学药学系,目前于澳门科技大学攻读硕士讨论生.从本科开始自己就在接触 CADD（计算机辅助药物设计）方面的软件知识,在此将分享一些自己的纯干货！下面将以一个实例操作带大家迅速认识和掌握分子模拟对接，希望给各位从事医药行业和药物化学合成的同学带来帮助。话不多说，下面进入正题。首先我们搞清楚一个概念：什么是分子模拟对接.分子模拟对接简单来说就是利用电脑软件将受体蛋白与配体分子进行模拟对接，计算它们的结合能(KJ/MOL)大小来推断结合是否紧密，若结合效果比较理想，那么该蛋白受体或配体则是我们理想的分子，可以进一步进行实验室操作 ，避开盲目实验带来的人力经济损失.接 下 来 我 将 介 绍 一 下 本 篇 文 章 的 主 角 ， 也 是 我 们 所 要 用 到 的 软 件PyRx、Chemdraw、AutodockTools 以及 PyMol.为了便于理解，简要概括之:Chemdraw 为化合物分子绘图软件;PyRx 为 Autodock Vina 算法搭载软件，能够调用其算法直接进行模拟对接；AutodockTools 是 PyMol 为对接结果成像软件，可以进一步分析其结构.下面正式进入正题，我将大致分为三个板块来进行推动：受体配体的准备;分子对接；结果分析.讨论类型为：已知若干配体分子结构，通过受体蛋白测试配体分子活性。本次筛选意在以 COMT 酶为受体，从 20 种与常见氨基酸形成环二肽的目标化合物中筛选出与COMT 酶受体结合最为紧密的一种环二肽结构，大大减少了随机筛选的盲目性，有利于进一步讨论该类化合物分子的生物学活性与改造成抗帕金森疾病前药的可能。图 1 展示了 20 种不同环二肽结构物质的统一结构,随着 R 基团的不同，所对应的氨基酸也不同。而表 1 则展示了 20 种不同环二肽的分子式。图 1 Cycol[DOPA（6—NO2）-AA]表 1 待筛选的 20 种配体分子 配体名称分子量Cycol[DOPA(6-NO2）—Ala] 307。079Cycol[DOPA （ 6—NO2 ） —Arg]351.089Cycol ［ DOPA(6—NO2 ） -Asn］350.104Cycol ［ DOPA （ 6-NO2 ） -Asp］351.089Cycol[DOPA （ 6-NO2 ） -Cys]339.145Cycol［DOPA（6—NO2）-Gln］364.131Cycol ［ DOPA （ 6-NO2 ） -Glu]365.116Cycol[DOPA （ 6-NO2 ） —Gly]293.052Cycol[DOPA(6—NO2 ） —His]373.141Cycol[DOPA （ 6—NO2)—Ile］349。16Cycol ［ DOPA(6-NO2 ） -Leu］349。16Cycol[DOPA(6-NO2）-Lys］364。1...
