一步一步教你使用NCBI数据库资源VIP免费

一步一步教你使用NCBI数据库资源随着ncbi数据库各种资源的涌现，NCBI已经成为科研工作者必不可少的资料查找，数据分析的工具。那么NCBI数据如何使用，新手入门一步一步教你认识和使用NCBI数据库。一综合数据库NCBI数据库集美国国立生物技术信息中心(NationalCenterforBiotechnologyInformation)，即我们所熟知的NCBI是由美国国立卫生研究院(NIH)于1988年创办。创办NCBI的初衷是为了给分子生物学家提供一个信息储存和处理的系统。除了建有GenBank核酸序列数据库(该数据库的数据资源来自全球几大DNA数据库，其中包括日本DNA数据库DDBJ、欧洲分子生物学实验室数据库EMBL以及其它几个知名科研机构)之外，NCBI还可以提供众多功能强大的数据检索与分析工具。目前，NCBI提供的资源有Entrez、EntrezProgrammingUtilities、MyNCBI、PubMed、PubMedCentral、EntrezGene、NCBITaxonomyBrowser、BLAST、BLASTLink(BLink)、ElectronicPCR等共计36种功能，而且都可以在NCBI的主页www.ncbi.nlm.nih.gov上找到相应链接，其中多半是由BLAST功能发展而来的。1NCBI最新进展1.1PubMed搜索功能的增强去年，NCBI对PubMed进行了几项改进工作，改动最大的是搜索界面和摘要浏览界面。其中，搜索界面中新增了“AdvancedSearch”选项(这实际上是对以往“Limits”和“Preview/Index”功能的整合)，并且增加了一个新的窗口，用户可以在此窗口下通过“论文作者名”、“论文所属杂志名称”、“论文出版日期”等限定条件进行搜索。而且，“论文作者名”和“论文所属杂志名称”还设有文本框自动填充功能。现在，在PubMed数据库中进行文本搜索的同时还可以立即通过两个“内容传感器(contentsensors)”进行分析。一个“内容传感器”是根据作者姓名、所属杂志名称或杂志名缩写、出版日期、卷号或刊号等信息进行分析，然后将符合条件的搜索结果排列到结果列表的顶端。另一个“内容传感器”是根据文章是否与用户给出的条件，例如是否与某种药物相关，在NCBI的新增数据库PubMedClinicalQ&A中进行搜索，然后给出搜索结果。1.2新增primer-BLAST分析工具2008年，NCBI新增了设计、分析PCR引物的工具——Primer-BLAST。Primer-BLAST的引物设计功能是基于NCBI现有的Primer3程序发展而来的，Primer3程序可以为一段DNA模板序列设计PCR引物。Primer-BLAST在设计出引物之后还在某些相应数据库中进行BLAST搜索，因此可以得到特异性引物，扩增出目的片段。用户在给出DNA模板的同时还可以限定正向引物或反向引物，这样，NCBI就只会给出另一条引物。如果用户给出了模板DNA和两条引物序列，Primer-BLAST就只会运行BLAST程序，帮助用户对引物进行分析。用户也可以只给出两条引物而不给出模板序列，这时Primer-BLAST会通过BLAST程序分析出与这对引物最匹配的模板序列。Primer-BLAST进行BLAST搜索的数据库包括RefSeqmRNA、BLASTnr和12种模式生物基因组数据库。1.3BLAST的改进及更新NCBI对BLAST进行了全新的改版，推出了最新的webBLASTreport。在最新的BLAST比对结果页面中，“图形化概要(GraphicSummary)”、“具体描述(Descriptions)”以及“序列比对(Alignments)”等部分页面都可以展开和收起。此外，网页上还提供了“结果输出格式选项(Formatting)”和“结果下载选项(download)”，在下载选项中还新增了CSV格式下载。这样，读者可以轻松地将BLAST的比对结果输入到表格处理软件中去。另外，BLAST比对结果页面上的“Alignments”部分还提供了每一条命中序列在EntrezGENE中的相关信息，这些信息包括基因名称、来源物种以及在PubMed数据库中与该基因有关条目的数目等。“BLASTtree”结果输出模式可以测量不同序列间的距离，自动收起亚类信息等。现在，可以以Newick格式或Nexus格式下载BLASTtree结果，也可以在进化树图中选择任一节点重新构树。最后还要向读者介绍ncbiblast的一个新网址：URL:blast.ncbi.nlm.nih.gov。NCBI建议读者都使用这个网址登陆NCBIBLAST，因为该BLAST使用更多的计算机进行分析，也具有更强的系统容错能力。1.4EntrezGene改进及更新基因组注释工作当中有一项重要的工作就是定位基因重叠群序列(contigsequences)，即在染色...