< >内为需要输入的内容，但不包括括号。所有命令都需要在MrBayes >的提示下才能输入。 文件格式： 文件输入，输入格式为Nexus file（ASCII，a simple text file，如图）： 或者还有其他信息： interleave=yes 代表数据矩阵为交叉序列interleaved sequences nexus 文件可由MacClade 或者Mesquite 生成。但Mrbayes 并不支持the full Nexus standard。 同时，Mrbayes 象其它许多系统软件一样允许模糊特点，如：如果一个特点有两个状态2、3，可以表示为：(23)，(2,3)，{23}或者{2,3}。但除了 DNA{A, C, G, T, R, Y, M, K,S, W, H, B, V, D, N}、RNA{A, C, G, U, R, Y, M, K, S, W, H, B, V, D, N}、Protein {A, R, N, D, C, Q, E, G, H, I, L, K, M, F, P, S, T, W, Y, V, X}、二进制数据{0, 1}、标准数据（形态学数据）{0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 5, 7, 8, 9}外，并不支持其他数据或者符号形式。 执行文件： execute 或缩写 exe ，注意：文件必须在程序所在的文件夹（或者指明文件具体路径），文件名中不能含有空格，如果执行成功，执行窗口会自动输出文件的简单信息。 选定模型： 通常至少需要两个命令，lset 和 prset，lset 用于定义模型的结构，prset 用于定义模型参数的先验概率分布。在进行分析之前可以执行 showmodel 命令检查当前矩阵模型的设置。或者执行 help lset 检查默认设置（如图）： 略 Nucmodel 用于指定 DNA 模型的一般类型。我们通常选取标准的核苷酸替代模型 nucleotide substitution model，即默认选项 4by4。另外，Doublet 选项用于 paired stem regions of ribosomal DNA 的分析，Codon 选项用于 DNA sequence in terms of its codons 的分析。 替代模型的一般结构一般由Nst 设置决定。默认状态下，所有的置换比率相同，对应于 F81 模型（JC model）。一般我们选用 GTR 模型，即 nst=6。 Code 设置只有在DNA 模型设置为codon 的情况下才使用。Ploidy 设置也与我们无关。 Rates 通常设置为invgamma (gamma-shaped rate variation with a proportion of invariable sites) ， Ngammacat(the number of discrete categories used to approximate the gamma distribution) 一般采用默认选项 4。通常这个设置已经足够，增加该选项设置的数量...
