< >内为需要输入的内容，但不包括括号
所有命令都需要在MrBayes >的提示下才能输入
文件格式： 文件输入，输入格式为Nexus file（ASCII，a simple text file，如图）： 或者还有其他信息： interleave=yes 代表数据矩阵为交叉序列interleaved sequences nexus 文件可由MacClade 或者Mesquite 生成
但Mrbayes 并不支持the full Nexus standard
同时，Mrbayes 象其它许多系统软件一样允许模糊特点，如：如果一个特点有两个状态2、3，可以表示为：(23)，(2,3)，{23}或者{2,3}
但除了 DNA{A, C, G, T, R, Y, M, K,S, W, H, B, V, D, N}、RNA{A, C, G, U, R, Y, M, K, S, W, H, B, V, D, N}、Protein {A, R, N, D, C, Q, E, G, H, I, L, K, M, F, P, S, T, W, Y, V, X}、二进制数据{0, 1}、标准数据（形态学数据）{0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 5, 7, 8, 9}外，并不支持其他数据或者符号形式
执行文件： execute 或缩写 exe ，注意：文件必须在程序所在的文件夹（或者指明文件具体路径），文件名中不能含有空格，如果执行成功，执行窗口会自动输出文件的简单信息
选定模型： 通常至少需要两个命令，lset 和 prset，lset 用于定义模型的结构，prset 用于定义模型参数的先验概率分布
在进行分析之前可以执行 showmodel 命令检查当前矩阵模型的设置
或者执行 help lset 检查默认设置（如图）： 略 Nucmodel 用于指定 DNA 模型的一般类型
