MEGA 构建系统进化树的步骤（以 MEGA7 为例）本文是看中国慕课山东大学生物信息学课程总结出来的分子进化的研究对象是核酸和蛋白质序列。研究某个基因的进化,是用它的 DNA 序列，还是翻译后的蛋白质序列呢？序列的选取要遵循以下原则：1）如果 DNA 序列的两两间的一致度＞70%，选用DNA 序列。因为，如果 DNA 序列都如此相似，它的蛋白质会相似到看不出区别，这对构建系统发生树是不利的。所以这种情况下应该选用 DNA 序列，而不选蛋白质序列。2）如果 DNA 序列的两两间的一致度＜70%，DNA 序列和蛋白质序列都可以选用。1.将要用于构建系统进化树的所有序列合并到同一个 fasta 格式文件，注意：所有序列的方向都要保持一致（5'-3'）。想要做系统发生树先要做多序列比对，然后把多序列比对的结果提交给建树软件进行建树，所以在用 MEGA 建树时可以输入一个已经比对好的多序列比对，也可以输入一条原始序列，让 MEGA 先来做多序列比对，再建树（一般我们都是原始序列）。所以我们以后者为例。2.打开 MEGA 软件，选择主窗口的”File”一“OpenAFile”一找到并打开 fasta 文件，这时会询问以何种方式打开，我们是原始序列，需要先进行多序列比对，所以选择“Align”。如果是比对好的多序列比对可以直接选择“Analyze”。3.在打开的 AlignmentExplorer 窗口中选择”Alignment”-“AlignbyClustalW”进行多序列比对（MEGA 提供了 ClustalW 和Muscle 两种多序列比对方法，这里选择熟悉的 ClustalW），弹出窗口询问“Nothingselectedforalignment，Selectall?”选择“OK”。4.之后，弹出多序列比对参数设置窗口。这个窗口和 EMBL 在线多序列比对一样，可以设置替换记分矩阵、不同的空位罚分（罚分填写的是正数，计算时按负数计算）等参数。MEGA 的所有默认参数都是经过反复考量设置的，这保证了 MEGA 傻瓜机全自动档的品质,所以当你无从下手，或者没有什么特别要求的时候，直接点击“OK”，接受这些默认参数，开始多序列比对。了解两个参数：① 替换记分矩阵，替换记分矩阵是反映残基之间相互替换率的矩阵，也就是说，它描述了残基两两相似的量化关系。DNA 序列有 DNA 序列的替换记分矩阵，蛋白质序列有蛋白质序列的替换记分矩阵，两者不可混用。DNA 序列的替换记分矩阵主要有三种：1)等价矩阵。相同核苷酸得分为 1，不同核苷酸间的替换得分为 0。由于不含碱基的理化信息和不区别对待不同的替换，一般只用于理...
