质谱都有几种工作模式：SIM,SRM,MRMSIM :单离子检测扫描(single ion monitoring)SRM :选择反应检测扫描(selective reaction monitoring)MRM :多反应检测扫描(multi reaction monitoring)质谱都有几种工作模式：（1）Full Scan：全扫描，指质谱采集时，扫描一段范围，选择这个工作模式后，你自己来设定一个范围，比如：150～500 amu。对于未知物，一定会做这种模式，因为只有 Full Scan 了，才能知道这个化合物的分子量。对于二级质谱 MS/MS 或多级质谱 MSn 时，要想获得所有的碎片离子，也得做全扫描。（2）SIM：Single Ion Monitor，指单离子监测，针对一级质谱而言，即只扫一个离子。对于已知的化合物，为了提高某个离子的灵敏度，并排除其它离子的干扰，就可以只扫描一个离子。这时候，还可以调整一下分辨率来略微调节采样窗口的宽度。比如，要对500 amu 的离子做 SIM，较高高分辨状态下，可以设定取样宽度为，这时质谱只扫～ amu。还有些高分辨率的仪器，可以设定取样宽度更小，比如 amu，这时质谱只扫～ amu。但对于较纯的、杂质干扰较少的体系，不妨设定较低的分辨率，比如取样宽度设为 2 amu，这时质谱扫描 499～501 amu，假如没有干扰的情况下，取样宽度宽一些，待测化合物的灵敏度就高一些，因为噪音很低；但是有很强干扰情况下，设定较高分辨，反而提高灵敏度信噪比，因为噪音降下去了。（3）SRM：Selective Reaction Monitor，指选择反应监测，针对二级质谱或多级质谱的某两级之间，即母离子选一个离子，碰撞后，从形成的子离子中也只选一个离子。因为两次都只选单离子，所以噪音和干扰被排除得更多，灵敏度信噪比会更高，尤其对于复杂的、基质背景高的样品。我们不妨把它看成二级质谱的 SIM，上述关于 SIM 的特点也适用，即分辨率高些，抗背景排干扰的能力就更强。（4）MRM：Multi Reaction Monitor，指多反应监测，其实就是多个化合物同时测定时，多个 SRM 一起做。那么特点就跟 SRM 是一样的。有的厂家并不区分 SRM 和 MRM，因为只要一次实验同是做几个 SRM 就是 MRM 方式了。定性，一定会用 Full Scan，因为想看到更多的离子。定量，倾向于用 SIM 或 SRM/MRM，因为想提高已知信号的强度。背景基质越复杂，SRM/MRM 就越好，尤其是分辨率设得高的 SRM/MRM 就越好。
