综合序列分析软件综合序列分析软件BioEditBioEdit20032003级高芳銮级高芳銮BioEditBioEdit简介简介•BioEdit是一个性能优良的免费的生物序列编辑器，可在Windows95/98/NT/2000中运行，它的基本功能是提供蛋白质、核酸序列的编辑、排列、处理和分析。•与DNAMAN相比，其分析内容相对丰富一些，而且提供了很多网络程序的分析界面和接口，与DNAMAN等软件配合使用更好。•尤其值得一提是利用BioEdit能够十分方面地根据指定的核酸序列绘制相应的质粒图谱。序列的常规操作：序列的常规操作：序列输入序列输入：多种序列输入方式；序列分类序列分类：按标题、位置、定义、参数、注释等分类；成对排列成对排列：两序列的最佳排列及计算同一性和类似性；序列屏蔽序列屏蔽：仅采用联配中部分区域进行分析而排除其他。核酸分析核酸分析：组成、互补、反转、翻译、质粒、限制性内切酶；蛋白质分析蛋白质分析：氨基酸成分、疏水性轮廓、疏水力矩平均数翻译或反翻译翻译或反翻译：把DNA或RNA翻译成蛋白质；切换翻译切换翻译：在核酸和编码蛋白质序列中切换核苷酸序列；点图点图[成对比较成对比较]：相互比较两序列的矩阵，生成一个点图。•BLASTBLAST本地使用BLASTo创建本地数据库o本地BLAST搜寻BLASTINTERNET客户端程序•ClustalWClustalW•使用互联网工具使用互联网工具HTMLBLAST网络浏览器PSI-BLASTnnPredict…•进化分析进化分析主要内容主要内容•绘制质粒图绘制质粒图•限制性内切酶图限制性内切酶图•蛋白质分析蛋白质分析–组成分析组成分析–熵图熵图–疏水性轮廓疏水性轮廓–联配中搜寻保守区联配中搜寻保守区–根据密码子的使用翻译核苷酸根据密码子的使用翻译核苷酸•RNARNA比较分析比较分析–共变共变–潜在配对潜在配对–互交信息分析互交信息分析一、绘制质粒图（一、绘制质粒图（PlasminddrawingPlasminddrawing））使用BioEdit质粒绘图功能，序列可以通过自动的位置标记，自动修改成环形质粒。特征、多连接位点和限制性位点可以通过使用对话框增加。当将一个序列进入质粒图时，在背景上出现一个限制性内切酶图谱，所以可以通过对话框选择可以增加限制性位点。它们自动增加到当前的位点。质粒功能提供简单的绘制和标记工具。标签和绘图可以通过鼠标移动和缩放。想要编辑目标性质，双击目标。想要从一个DNA序列产生一个质粒，从“Sequence”菜单中“NucleicAcid”子菜单中选择“CreatePlasmidfromSequence”选项。选择这个选项时，限制性内切酶图谱将会使用通常商业化的，储存在存储器中的限制性内切酶。质粒第一次产生时，它显示成有10个位点标记的圆圈，中央是标题。1.Restrictionsites:(1.Restrictionsites:(限制性位点限制性位点))想要增加限制性位点，从“Vector”菜单中选择“RestrictionSites”选项。将会显示一下对话框：想要显示图谱中的限制性内切酶，从右边(“Don'tShow”中)选择任何想要的酶，用按钮将它们移动到左边。按下“Apply&Close”时，这个位点就会增加到图谱中。指定的酶如果只有一个酶切位点,就会在酶切位点上出现一个“U”。如果没有“U”，将会显示第一个酶切位点。想要移动图谱中酶的位置，在“Show”中增加选择的酶的亮度，按下按钮将它们移动另一边。2.Positionalmarks(2.Positionalmarks(位置标记位置标记):):点击“Vector”菜单中的“PositionalMarks”选项，可以出现以下对话框：可以通过移动位置标记到“Show”中，单独增加位置标记，或者设定应用的分割标记数量。想要没有标记，选择“Divideinto:”中的下拉菜单顶端的“None”。3.Features(3.Features(特征特征):):想要增加一个特征，如抗生素抵抗标记，从“Vector”菜单选择“AddFeature”。将显示以下对话框：选择的类型是“NormalArrow”、“WideArrow”、“NormalBox”和、“WideBox”。在上面例子中的所有特征是“常规”宽度的。如果特征是一个箭头，箭头的方向将是从起点位置到终点位置。增加特征或酶时，他们各自的标记增加在外面，中心是可能的尺寸。标记可以被选择工具选择、移动、编辑和缩放。4.GeneralVectorproperties4.GeneralVectorproperties载体属性可通过选“Vector...
