单核苷酸多态性(SNP)VIP免费

单核苷酸多态性（单核苷酸多态性（SNPSNP））张之洞班叶苗张之洞班叶苗讲义结构讲义结构•定义定义•特点特点•应用应用定义定义SNPSNP（（singlenucleotidepolymorphismsinglenucleotidepolymorphism））：个：个体间基因组体间基因组DNADNA序列同一位置单个核苷酸变异所序列同一位置单个核苷酸变异所引起的多态性。引起的多态性。•SNPSNP所表现的多态性只涉及到单个碱基的变异，可所表现的多态性只涉及到单个碱基的变异，可由单个碱基转换、颠换、插入或缺失引起，但通常由单个碱基转换、颠换、插入或缺失引起，但通常所说的所说的SNPSNP是指转换或颠换。是指转换或颠换。•转换：嘌呤被嘌呤或嘧啶被嘧啶替换转换：嘌呤被嘌呤或嘧啶被嘧啶替换C→TG→AC→TG→A•颠换：嘌呤被嘧啶或嘧啶被嘌呤替换颠换：嘌呤被嘧啶或嘧啶被嘌呤替换C→AG→TC→AG→T•SNPSNP有有22、、33、、44等位性，但等位性，但33、、44等位性非常少等位性非常少见，通常所说都是二等位多态性。见，通常所说都是二等位多态性。同义同义SNPSNP编码序列编码序列SNPSNP（（cSNP)cSNP)SNPSNP非同义非同义SNPSNP非编码序列非编码序列SNPSNPSNPSNP特点特点•11、数量多，分布广泛。、数量多，分布广泛。•22、适于快速、规模化筛查。、适于快速、规模化筛查。•33、、SNPSNP等位基因频率容易估计。等位基因频率容易估计。•44、易于基因分型。、易于基因分型。SNPSNP的应用的应用•11、等位基因特异性杂交（、等位基因特异性杂交（ASHASH））TaqManTaqMan探针技术探针技术、、DASHDASH、、分子信标分子信标技术技术•22、内切酶酶切技术、内切酶酶切技术RFLPRFLP、随机扩增多态、随机扩增多态DNADNA（（RAPDRAPD）、）、引物入侵分析技术引物入侵分析技术•33、引物延伸法、引物延伸法测序法、等位基因特异性延伸法测序法、等位基因特异性延伸法•44、寡核苷酸连接分析（、寡核苷酸连接分析（OLAOLA））TaqManTaqMan探针法探针法•PCRPCR扩增时，加入一个引物和一个扩增时，加入一个引物和一个TaqManTaqMan探针，探针两端分别有报告荧光探针，探针两端分别有报告荧光基团和淬灭荧光基团，基团和淬灭荧光基团，PCRPCR扩增时，扩增时，TaqTaq酶酶5’5’核酸酶将探针酶切降解，使报告荧光核酸酶将探针酶切降解，使报告荧光基团与淬灭荧光集团分开而发出荧光。因基团与淬灭荧光集团分开而发出荧光。因为为TaqTaq酶酶5’5’核酸酶只能降解与目标序列相核酸酶只能降解与目标序列相同的序列，所以可以根据荧光信号来区分同的序列，所以可以根据荧光信号来区分等位基因类型。等位基因类型。SNPSNP位点分析位点分析纯和（纯和（G/G)G/G)杂交（杂交（G/T)G/T)不需要洗脱或分离等不需要洗脱或分离等PCRPCR后处理过程后处理过程分子信标技术检测分子信标技术检测SNPSNP原理原理引物入侵分析技术检测引物入侵分析技术检测SNPSNP等温反应，不依赖PCR扩增、直接从基因组DNA进行SNP检测结语结语•由于由于SNPSNP检测在后基因组计划中的重要性，检测在后基因组计划中的重要性，高通量检测高通量检测SNPSNP的新技术正在不断发展。从的新技术正在不断发展。从目前已有的报道来讲，检测方法主要集中在目前已有的报道来讲，检测方法主要集中在综合利用纳米材料技术、多重综合利用纳米材料技术、多重PCRPCR技术、各技术、各种荧光探针设计和荧光标记技术。种荧光探针设计和荧光标记技术。•检测技术方面，检测技术方面，PCRPCR无疑是最为理想最有发无疑是最为理想最有发展潜力，但仍然存在问题，如检测成本高、展潜力，但仍然存在问题，如检测成本高、重复性不够好。需要我们的努力来改进。重复性不够好。需要我们的努力来改进。THANKSTHANKS！！