PCR 反应程序 1.常规程序 将 PCR 反应所需的成分配置完后,在 PCR 仪上于 94-96℃ 预加热几十秒至几分钟,使模板 DNA 充分变性,然后进入扩增循环
在每一个循环中,先于 94℃ 保持 30 秒钟使模板变性,然后将温度降到复性温度(一般 50-60℃ 之间),一般保持 30 秒钟,使引物与模板充分退火;在 72℃ 保持 1 分钟(扩增 1kb 片段),使引物在模板上延伸,合成 DNA ,完成一个循环
重复这样的循环 25~35 次,使扩增的 DNA 片段大量累积
最后,在 72℃ 保持 3-7min ,使产物延伸完整, 4℃ 保存
2.复性(退火)和延伸温度 复性的温度是 PCR 扩增是否顺利的关键因素,通常在 50-60℃ 之间
具体的温度主要由引物的 Tm 值决定
延伸温度绝大多数设定为 72℃
如果复性的温度很高,可以将延伸温度和复性温度设置成同一温度,变成二步法 PCR
3.反应时间 变性步骤一般使用 30 秒钟,如果模板的 G+C 含量较高,或直接用细胞做模板,变性时间可适当延长
复性时间有 30 秒种一般是足够的
延伸时间由扩增产物的大小决定,一般采用 1kb 用 1 分钟来保证充足的时间
4.循环次数 循环次数主要与模板的起始数量有关,在模板拷贝数为 104~105 数量级时,循环数通常为 25~35 次
平台效应(plateau effect):PCR 扩增过程后期会出现的产物的积累按减弱的指数速率增长的现象
原因:底物和引物的浓度已经降低, dNTP 和 DNA 聚合酶的稳定性或活性降低,产生的焦磷酸会出现末端产物抑制作用,非特异性产物或引物的二聚体出现非特异性竞争作用,扩增产物自身复性,高浓度扩增产物变性不彻底
5.PCR 反应液的配制 PCR 反应体系的配置方式有时也会影响反应的正常进行
常规方法与其它酶学反应一样,在最