Quantity One 使用详解 1 - 内容简介 凝胶电泳是每个做分子生物学的同学天天都要打交道的基本技术。电泳之后的信息处理与电泳本身同样重要。目前有大量软件可以用于分析电泳结果，比较有名的比如 BandScan、BandLeader、Sigma Gel 等等。今天要向大家介绍的是来自 Bio-Rad 的 1D 凝胶定量软件Quantity One（Bio-Rad 还有一个做 2D 凝胶分析的软件 PDQuest）。这个软件的最新版本可以在 Bio-Rad 的主页免费下载。目前的最新版本是 4.52 版 2 - Quantity One 的定量方法 Quantity One 的分析功能顾名思义主要用来进行凝胶或者培养皿的荧光定量分析。它的分析功能或者说分析方式主要有 4 种：泳道/条带轨迹定量法；等高线直接定量法；菌落计数；分子量测定 ------------------------------------------------------------------------------------------------------------ 这三种方法中使用最为方便也是最为广泛的应该是等高线定量法（Volumn Contour）。它通过半自动描绘电泳条带的等高线边缘来得到等高线区域内部面积，再将该面积乘以区域内平均光密度值得到条带内部总的信号量。当然这种分析方法的弊病显而易见：无法同等得排除不同泳道的背景亮度；等高线的绘制处于“半自动”状态，即需要人为判断作为等高线标准的电泳条带的边缘；最致命的是在几个电泳条带距离十分接近的时候几乎无法绘制单一条带的轮廓（常出现连续的几个条带等高线相连而无法分离出单独条带的轮廓）。 三种方法中个人感觉最为科学和严谨的应该是泳道/条带轨迹定量法（Trace Tracking）。这种方法使用起来步骤较为繁琐，必须通过泳道识别---电泳条带识别两个连续的步骤才能进行定量。然而这种方式的最大优点在于它可以完全抛弃人为主观因素进行全自动定量。他的定量方式为：首先根据不同电泳条带的光密度值绘制光密度曲线，然后计算光密度曲线下面积作为电泳条带的定量根据。大家可能会问他能不能排除泳道背景？答案是肯定的，它能够最大程度的排除不同泳道之间的背景差异，让各个泳道上的不同电泳条带在一条几乎相同的起跑线上进行对比。这个背景排除功能是等高线法无法做到的（等高线法也有基本的背景排除办法，但是和泳道/条带轨迹定量法的背景排除不是一个等级的。等高线法只能排除同一泳道上的背景，而不能均等的排除不同泳道的背景）。另外泳道/条带轨迹定量法还可以结合 Gauss Model Bands 对紧密相连的电泳条带进行分析，而...
