Shelxle结构解析和精修VIP免费

Translated by Zhenyi Zhang, Bruker AXS Application Scientist 1 SHELX Tu torial Introdu ction 关于此教程 此教程的主要目的是介绍如何使用SHELX 程序包，解析和精修一个小分子的晶体结构（少于200 个非氢原子）。 我们推荐新手练习文档中的所有步骤。 步骤 1-5 中的所有的章节都遵循下注释：需要用户操作的使用蓝色背景。其它文本部分用于解释图标以及重要的晶体学概念。 本教程中使用的案例 典型的小分子结构通常是金属有机或者纯有机分子。本教程中使用的是VitC的衍生分子：内酯环上连接一个长烷基链。 本图显示的是最终原子结构的3D 模型。当然在你自己的操作过程中，可能会出现各种意想不到的事情。 程序和文件 Translated by Zhenyi Zhang, Bruker AXS Application Scientist 2 在结构精修过程中，我们会使用Shelx le 去编辑RES 文件，从而准备下一轮精修的INS 文件。RES 文件和 INS 文件都可以使用任何文本编辑程序打开。 结构解析程序流程 本教程主要是对于结构解析和精修的介绍。前提是，X 射线衍射实验已经完成，所有的衍射点数据都已经过指标化，还原和校正。通常衍射仪将会产生包含衍射数据的hkl 文件（通常是 SHELX 格式）以及用于结构解析.ins 文件。如果没有ins 文件或者需要重新产生.ins 文件，你也可以使用XPREP（BRUKER copy right）读取 hkl 文件，推断空间群并产生.ins 文件。尤其对于一些结构，必须使用XPREP重新指标化 HKL 文件中的衍射点，从何和正确的空间群相一致。比如本例子中的momo_unmerged.hkl. 利用XPREP，我们可以确定数据的Lau e 群以及初始的空间群，并且产生下一步 SHELXT 需要的指令文件mono.ins 以及相应的HKL 文件 mono.hkl。我们可以重新指标化 HKL 文件，也可以对分辨率做相应的截取。在接下来的结构解析步骤中，新产生的HKL 文件不会被进一步修改，之后所有程序中都会使用到该文件。INS 文件需要至少指定晶体结构中有哪些元素。 Translated by Zhenyi Zhang, Bruker AXS Application Scientist 3 SHELXT 程序用于解析相位，使用相位推断空间群，并且最大可能地根据电子密度图搭建初始模型。初始的解析结果文件名为 mono_a.res，可使用Shelx le 显示和编辑。而此时，初始的结构模型有可能并不是完全正确。用户需要使用Shelx le仔细检查结构，特别是检查原子类型。 下一步，交替使用SHELXL 和 Shelx le，...