Topos4.0 分析拓扑简单流程---ZIF-8 为例 打开topos4.0 软件,在database 里,点击“import”出现下面对话框,找到 z if-8.cif 文件, 点击 “打开”出现下面对话框: “文件名”输入任意名字(如 z if-8),“打开”,出现确认对话框, 点击“yes”, 用户代码 输入“1”,点击“OK”, 文件导入完成,可以进行分析。 首先,运行“IsoCry st”,点击图标, 出现新的界面, 点击“Draw structure”, 为便于分析金属zn 原子的配位情况,可以左键点击任一个金属Zn 原子,此时,选中的金属原子为黄色,工具栏中的“show selection only” 按钮也由灰色(不可选)变为黄色高亮显示, ,点击, 只有该金属原子显示在图中。图中任意空白处点击右键,取消选择,金属原子颜色恢复, 点击“growing structure” 按钮,即显示与该金属原子配位的所有原子(该示例中均为N 原子),Zn 为4-配位,4-连接节点。 继续点击,3D 结构显示。 同样地,每个咪唑配体为 2-连接节点。ZIF-8 为高对称性结构,每个金属原子均为 4-配位,4-连接节点,每个咪唑为桥连配体,2-连接节点。因此,上面的检查已经结束,可以进下一步。 第二步,运行 au to CN,点击图标,出现对话框 点击option 选项,点击matrix 默认选择的“Spec.Cont.”和“v dW Cont”这 2 项不要,把前面的勾点掉,不选,然后 OK。 点击 ru n。 第三步,ru n ADS。点击图标,出现 点 击ru n, “y es”, 输入“1” 按下 ctrl 键,同时左键点击 Zn 原子,,Zn 原子被选中,高亮显示。点击“OK”,即可进行拓扑结果分析。 结果查看:点击 program,每一步的运行结果均在其中,选则 ADS 的结果 或者,在存放文件夹下,找到.ado 文件可直接打开查看结果。 到此,整个流程结束,对于简单结构,基本全部选择默认的(defau lt)选项即可完成。 需要注意一下,au toCN 中,我们取消了“Spec.Cont.”和“v dW Cont”这 2 项,他们对应的分别是特殊相互作用和范德华相互作用(即弱的相互作用),在对一些氢键网络分析拓扑时需要用到。而且,这种情况下,没办法画出最后的拓扑图,我们没有生成拓扑文件。需要用topos 作图的话,可以进行如下操作: ADS 中,点击option 选项,选中“sav e simplified net”,点击OK。然后重复上面的操作。