Topos4.0分析拓扑简单流程ZIF8为例VIP专享VIP免费

Topos4.0 分析拓扑简单流程---ZIF-8 为例 打开topos4.0 软件，在database 里，点击“import”出现下面对话框，找到 z if-8.cif 文件， 点击 “打开”出现下面对话框： “文件名”输入任意名字（如 z if-8），“打开”，出现确认对话框， 点击“yes”， 用户代码 输入“1”，点击“OK”， 文件导入完成，可以进行分析。 首先，运行“IsoCry st”，点击图标， 出现新的界面， 点击“Draw structure”， 为便于分析金属zn 原子的配位情况，可以左键点击任一个金属Zn 原子，此时，选中的金属原子为黄色，工具栏中的“show selection only” 按钮也由灰色（不可选）变为黄色高亮显示， ，点击， 只有该金属原子显示在图中。图中任意空白处点击右键，取消选择，金属原子颜色恢复， 点击“growing structure” 按钮，即显示与该金属原子配位的所有原子（该示例中均为N 原子），Zn 为4-配位，4-连接节点。 继续点击，3D 结构显示。 同样地，每个咪唑配体为 2-连接节点。ZIF-8 为高对称性结构，每个金属原子均为 4-配位，4-连接节点，每个咪唑为桥连配体，2-连接节点。因此，上面的检查已经结束，可以进下一步。 第二步，运行 au to CN，点击图标，出现对话框 点击option 选项，点击matrix 默认选择的“Spec.Cont.”和“v dW Cont”这 2 项不要，把前面的勾点掉，不选，然后 OK。 点击 ru n。 第三步，ru n ADS。点击图标，出现 点 击ru n， “y es”, 输入“1” 按下 ctrl 键，同时左键点击 Zn 原子，，Zn 原子被选中，高亮显示。点击“OK”，即可进行拓扑结果分析。 结果查看：点击 program，每一步的运行结果均在其中，选则 ADS 的结果 或者，在存放文件夹下，找到.ado 文件可直接打开查看结果。 到此，整个流程结束，对于简单结构，基本全部选择默认的（defau lt）选项即可完成。 需要注意一下，au toCN 中，我们取消了“Spec.Cont.”和“v dW Cont”这 2 项，他们对应的分别是特殊相互作用和范德华相互作用（即弱的相互作用），在对一些氢键网络分析拓扑时需要用到。而且，这种情况下，没办法画出最后的拓扑图，我们没有生成拓扑文件。需要用topos 作图的话，可以进行如下操作： ADS 中，点击option 选项，选中“sav e simplified net”，点击OK。然后重复上面的操作。