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Gromacs 中文教程（II）：结果分析 淮海一粟 M D 结果分析 模拟结束后，就可以分析数据了。分析包括三个阶段。首先，有必要对模拟的质量进行检查，如果检查结果表明模拟良好，那么就可利用该模拟对所研究的问题作出回答；最后，不同的模拟结果可以合并。 注：文件名应该反映文件内容，这根据你的模拟系统不同而不同。这里我们假定使用默认文件名，那么就会产生以下文件： • topol.tpr: 模拟开始时包含完整系统描述的输入文件； • confout.gro: 结构稳健，包含最后一步的坐标和速度； • traj.trr: 全部精确轨迹，包括位置、速度和随时间变化的力 • traj.xtc: 压缩的轨迹文件，只包含低精度(0.001 nm)的坐标信息； • ener.edr: 随时间变化的有关能量数据 • md.log: 模拟过程的日志 附注：许多分析工具都能生成.xvg 文件。这些文件能用xmgr 或 xmgrace 查看，也可用python 脚本程序 xvg2ascii.py 在终端显示出来。 先检查一下结果 在开始分析前，要确定模拟是否正确地完成。有很多原因会导致模拟中断，尤其是与力场和系统平衡不充分引起的问题。为了检查模拟是否正确完成，运行gmxcheck 程序： 看看是否执行了10 纳秒的模拟。 ==Q== How many frames are in the trajectory file and what is the time resolution? ( T ) 另一个重要的信息源是日志文件。在文件md.log 的末尾有模拟过程的统计数据；包括内存和 CPU 的使用情况和模拟时间。看看日志文件的末尾，使用'less'命令时，你可以用'G' (shift-g) 命令，跳到文件末尾。 ==Q== How long did the simulation run in real time (hours), what was the simulation speed (ns/day) and how many years would the simulation take to reach a second? ( T ) ==Q== Which contribution to the potential energy accounts for most of the calculations? Gromacs online manualGromacs mailing list Google 结果可视化 好玩的环节开始了。虽然很多分析都能归结为从轨迹文件中提取图像，MD当然首先要关注系统的移动。来看看轨迹文件。 首先用 gromacs 提供的查看器 ngmx 来看看。虽然该软件的完善程度和视觉效果不及其他查看器，但它能够在拓扑文件信息的基础上画出键。其他查看器可能隐含远程键，这可能导致这些键被认为太长而不画出，或者会在非常接近的原子之间画出...