emuchnetTopos分析拓扑简单流程ZIF为例

精品文档---下载后可任意编辑打开 topos4.0 软件，在 database“里，点击 import”出现下面对话框，找到 zif-8.cif 文件， “”点击 打开 出现下面对话框：“”文件名 输入任意名字（如 zif-8“”）， 打开 ，出现确认对话框，“点击 yes”， “用户代码 输入 1”“，点击 OK”，文件导入完成，可以进行分析。首先“，运行 IsoCryst”，点击图标 ， 出现新的界面，“点击 Draw structure”，精品文档---下载后可任意编辑为便于分析金属 zn 原子的配位情况，可以左键点击任一个金属 Zn 原子，此时，选中的金属原子为黄色，工“具栏中的 show selection only”按钮也由灰色（不可选）变为黄色高亮显示， ，点击，只有该金属原子显示在图中。图中任意空白处点击右键，取消选择，金属原子颜色恢复，“点击 growing structure”按钮，即显示与该金属原子配位的所有原子（该示例中均为 N 原子），Zn 为 4-配位，4-连接节点。继续点击，3D 结构显示。同样地，每个咪唑配体为 2-连接节点。ZIF-8 为高对称性结构，每个金属原子均为 4-配位，4-连接节点，每个咪唑为桥连配体，2-连接节点。因此，上面的检查已经结束，可以进下一步。第二步，运行 auto CN，点击图标，出现对话框点击 option 选项，点击 matrix精品文档---下载后可任意编辑“默认选择的 Spec.Cont.”“和 vdW Cont”这 2 项不要，把前面的勾点掉，不选，然后 OK。 点击 run。第三步，run ADS。点击图标，出现点击 run，“yes”,“输入 1” 按下 ctrl 键，同时左键点击 Zn原子，，Zn“原子被选中，高亮显示。点击 OK”，即可进行拓扑结果分析。结果查看：点击 program，每一步的运行结果均在其中，选则 ADS 的结果或者，在存放文件夹下，找到.ado 文件可直接打开查看结果。到此，整个流程结束，对于简单结构，基本全部选择默认的（default）选项即可完成。需要注意一下，autoCN“中，我们取消了 Spec.Cont.”“和 vdW Cont”这 2 项，他们对应的分别是特别相互作用和范德华相互作用（即弱的相互作用），在对一些氢键网络分析拓扑时需要用到。而且，这种情况下，没办法画出最后的拓扑图，我们没有生成拓扑文件。需要用 topos 作图的话，可以进行如下操作：ADS 中，点击 option“选项，选中 save simplified net”，点击 OK。然后重复上面的操作。精品文档---下载后可任意编辑