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emuchnetTopos分析拓扑简单流程ZIF为例

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精品文档---下载后可任意编辑打开 topos4.0 软件,在 database“里,点击 import”出现下面对话框,找到 zif-8.cif 文件, “”点击 打开 出现下面对话框:“”文件名 输入任意名字(如 zif-8“”), 打开 ,出现确认对话框,“点击 yes”, “用户代码 输入 1”“,点击 OK”,文件导入完成,可以进行分析。首先“,运行 IsoCryst”,点击图标 , 出现新的界面,“点击 Draw structure”,精品文档---下载后可任意编辑为便于分析金属 zn 原子的配位情况,可以左键点击任一个金属 Zn 原子,此时,选中的金属原子为黄色,工“具栏中的 show selection only”按钮也由灰色(不可选)变为黄色高亮显示, ,点击,只有该金属原子显示在图中。图中任意空白处点击右键,取消选择,金属原子颜色恢复,“点击 growing structure”按钮,即显示与该金属原子配位的所有原子(该示例中均为 N 原子),Zn 为 4-配位,4-连接节点。继续点击,3D 结构显示。同样地,每个咪唑配体为 2-连接节点。ZIF-8 为高对称性结构,每个金属原子均为 4-配位,4-连接节点,每个咪唑为桥连配体,2-连接节点。因此,上面的检查已经结束,可以进下一步。第二步,运行 auto CN,点击图标,出现对话框点击 option 选项,点击 matrix精品文档---下载后可任意编辑“默认选择的 Spec.Cont.”“和 vdW Cont”这 2 项不要,把前面的勾点掉,不选,然后 OK。 点击 run。第三步,run ADS。点击图标,出现点击 run,“yes”,“输入 1” 按下 ctrl 键,同时左键点击 Zn原子,,Zn“原子被选中,高亮显示。点击 OK”,即可进行拓扑结果分析。结果查看:点击 program,每一步的运行结果均在其中,选则 ADS 的结果或者,在存放文件夹下,找到.ado 文件可直接打开查看结果。到此,整个流程结束,对于简单结构,基本全部选择默认的(default)选项即可完成。需要注意一下,autoCN“中,我们取消了 Spec.Cont.”“和 vdW Cont”这 2 项,他们对应的分别是特别相互作用和范德华相互作用(即弱的相互作用),在对一些氢键网络分析拓扑时需要用到。而且,这种情况下,没办法画出最后的拓扑图,我们没有生成拓扑文件。需要用 topos 作图的话,可以进行如下操作:ADS 中,点击 option“选项,选中 save simplified net”,点击 OK。然后重复上面的操作。精品文档---下载后可任意编辑

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