精品文档---下载后可任意编辑MLSA 用于放线菌拟诺卡氏菌科及假诺卡氏菌属的系统学讨论的开题报告一、讨论背景及意义放线菌是一类具有极高生物活性物质产生能力的微生物，其中菌株数量众多，种类繁多。放线菌属菌株主要生长在泥土、水体等环境中，被广泛用于制药、农药、食品添加剂等工业领域。放线菌是一类充满生物化学潜力的微生物资源，随着越来越多的微生物学家关注外界环境的微生物资源变化，越来越多的菌种被提取出来，传统的下分类学定位系统已经不能够满足对这些放线菌的讨论诉求，更加精细的下分类单元已经成为许多讨论的方向。近年来，分子生物学的快速进展，尤其是分子标记技术的广泛应用，使得放线菌分子系统学的讨论逐渐深化。分子标记技术越来越多地应用于放线菌的系统学讨论，在放线菌的分类、进化以及菌株间亲缘关系的解析等方面获得了突破性进展。目前，放线菌领域系统发育重建的分子标记，新一代测序技术、基因组学、转录组学等高通量数据技术，都将为放线菌传统化学和微生物学实践带来新的重要贡献。其中，针对放线菌拟诺卡氏菌科及假诺卡氏菌属的系统学讨论引起了越来越多关注。拟诺卡氏菌科是一类在固体培育基上感光、运动、对氧气需求高，有鞭毛的革兰阳性菌，有很多菌株有着重要的药用价值。假诺卡氏菌属是拟诺卡氏菌科中最大的属，在固体培育基上生长缓慢，但是这个属也有重要的生物活性产物生物体，有较大的讨论价值。二、讨论方法及内容本讨论将采纳多基因序列组合（Multilocus Sequence Analysis, MLSA）的方法，建立放线菌拟诺卡氏菌科及假诺卡氏菌属的系统发育树，以解析各个类群的下属分类学位置及亲缘关系的远近。1.数据采集通过国际公共数据库（NCBI）收集该科包括假诺卡氏菌属(9 个)在内的拟诺卡氏菌科(11 个)所有菌株的上报基因序列以及同家科其他属菌株的基因序列信息。2. 多基因组合从已有的上报基因序列中选择 7-8 个基因进行多基因序列组合（Multilocus Sequence Analysis, MLSA）。精品文档---下载后可任意编辑3. 创建系统发育树采纳 bootstrap 方法创建系统发育树，解析不同菌株之间的系统发育地位。三、预期结果通过本讨论的方法，建立放线菌拟诺卡氏菌科及假诺卡氏菌属的系统发育树，对放线菌的分类、进化以及菌株间亲缘关系的解析等方面提供初步的讨论支持，进一步丰富放线菌属菌株的分类系统学资料，为放线菌分类系统学领域的进展提供重要的推动作用。同时，该讨论也为拟诺卡氏菌科及假诺卡氏菌属的生物资源开发提供了技术支持。
