糖尿病肾病患者与小鼠模型肾小球转录组差异的生物信息学分析医学专业论文VIP专享

摘 要糖尿病肾病患者与小鼠模型肾小球转录组差异的生物信息学分析摘 要目的 运用生物信息学方法，比较糖尿病肾病（Diabetic kidney disease, DKD）患者与 DKD 小鼠模型肾小球的基因表达谱异同。方法 从 GEO 数据库下载截止2018 年 10 月，人群和 DKD 小鼠模型的肾小球基因芯片数据集。用Ｒ Bioconductor3.4.2 软件进行基因芯片的质控，并分别筛选出人群和各小鼠模型的差异表达基因（Differentially expressed genes，DEGs）。将人群与各小鼠模型 DEGs分别取交集，比较各个 DKD 小鼠模型和人群肾小球基因表达的异同。采用生物学信息注释数据库( the database for annotation，visualization and integrated discovery，DAVID)在线软件对共同表达差异基因（Co-expression of differential genes, CDGs）进行 GO （Gene Ontology）分析和 KEGG ( kyoto encyclopedia of genes and genomes，KEGG) 通路富集分析。结果 对经过筛选的 DKD 患者（GSE30528）, STZ 诱导的 DBA/2（DBA/2）、db/db、内皮一氧化氮合酶（eNOS / NOS2）敲除的 db/db（eNOS-/- db/db）小鼠模型（GSE33744）,以及 ob/ob 小鼠模型（GSE106841）的基因芯片数据进行生物信息学分析，得到 DKD 患者与DBA/2、db/db、eNOS-/- db/db，ob/ob 小鼠模型肾小球 CDGs 分别为 53 个， 219 个， 308 个， 18 个。无 4 种 DKD 小鼠模型与人的 CDGs，三种小鼠模型与人的 CDGs共有 26 个。GO 分析和 KEGG 分析结果显示，DKD 小鼠模型与人共享部分信号通路，而有些信号通路只在 DKD 人群中过度出现。结论 研究人类 DKD 发病机制或治疗效果，需要结合途径选择合适的小鼠模型进行实验，继而将结果推广到人群才会有较大把握。 关键词 糖尿病肾病；啮齿动物模型；转录组学；生物信息学-I-AbstractAbstractObjective Using bioinformatics methods to compare the gene expression profiles of glomeruli in diabetic kidney disease (DKD) patients and DKD mouse models. Methods The quality control of the gene chip was performed using R Bioconductor 3.4.2 software, and the differentially expressed genes (DEGs) in the human and each mouse model were screened separately. The differences between the population and the mo...