一. 材料与方法10.基因测序为了分析 LPS 感染过程中，芍药苷对心脏微血管内皮细胞（RCMECs）基因表达的影响，我们将处理后的细胞进行了基因测序（RNA-seq）。将细胞分为实验组（40uM 芍药苷预处理 4h+LPS 组）和对照组（LPS 处理组），每组 3个生物学重复。对两组数据依次进行了数据质量评估、样本相关性分析、对比参考基因组、表达定量、差异基因表达、差异基因功能分析、差异基因信号通路分析等。在数据品质的评价方面，本试验从测序质量分数、单碱基序列质量、序列GC 含量及序列长度分布情况等方面对试验数据进行质控。相关性分析是考察变量与其他变量相关性的一种方法，通过多元统计分析相关变量是否以某种特定的方式聚集到一起。本试验中通过计算样本之间的皮尔森相关系数（Pearson Correlation Coefficient）来分析样本间的相关程度，利用样本相关性图可视化相关性系数矩阵来展示样本相关性。按照美国 Illumina 生物技术公司 RNA-seq 样本制备试剂盒（mRNA-Seq sample preparation kit）说明构建 cDNA 文库。对照大鼠的基因组信息和完整的转录组的信息，将测序出的序列（reads）比对到参考基因组上，进而对基因或转录本进行注释和定量。利用 DESeq2 对两组进行比较，得到显著性 P 值，padjust 值（P 值校正后的数值）和基因间的差异倍数（Fold-change）；将两个处理组进行比较，选取 p-value（P 值）<0.05 且表达量差异倍数在 1.2 倍以上及0.83333 倍 数 以 下 的 定 义 为 差 异 表 达 基 因 。 其 中 差 异 倍 数 大 于 1.2 且 p-value<0.05 的为上调基因，差异倍数小于 0.83333 并且 p-value<0.05 的为下调基因。利用 Ballgown 对两组进行比较，得到显著性 P 值，Q 值（多重假设检验校正后的 P 值）和转录本间的差异倍数。本分析中将两组进行比较，进行差异转录本筛选，选取 p-value<0.05 和差异倍数大于 1.2 倍及小于 0.83333 倍定义为差异转录本。其中差异倍数大于 1.2 并且 p-value<0.05 的为上调转录本，差异倍数小于 0.83333 并且 p-value<0.05 的为下调转录本。Gene Ontology 数据库（GO 数据库）是基因本体学数据库的简称，该库采用分层的方式对基因及其编码的蛋白功能进行系统阐述。Go 分析是建议在该数据库的分析，并将基因功能分为：分子功能（molecular function）、生物学过程（ biological process ） 和 细 胞 成 分 （...
