zhanghan_功能磁共振数据处理-北京2012+VIP免费

2012/5/121功能磁共振数据处理培训张寒研究员杭州师范大学认知与脑疾病研究中心hanzhang@hznu.edu.cn2012/5/11主要内容•脑成像数据分析软件介绍•Matlab基本操作•利用SPM处理任务fMRI数据•利用REST/DPARSF处理静息态fMRI数据•静息态fMRI数据的ICA分析•我归纳的一些数据分析小窍门•一整套静息态fMRI数据分析流程示例主要内容•脑成像数据分析软件介绍•Matlab基本操作•利用SPM处理任务fMRI数据•利用REST/DPARSF处理静息态fMRI数据•静息态fMRI数据的ICA分析•我归纳的一些数据分析小窍门•一整套静息态fMRI数据分析流程示例各种脑成像数据分析软件•SPM(我用的最多，Windows/Linux，基于Matlab，适合处理任务fMRI数据)•REST/DPARSF(A)(臧玉峰团队开发，Windows/Linux基于Matlab静息态fMRIWindows/Linux，基于Matlab，静息态fMRI分析工具，富含各种fMRI数据分析小工具)•AFNI(Linux，命令行方式，功能强大)•FSL(Linux，GUI/命令行方式)•BrainVoyager(收费，Windows/Linux，GUI界面很方便，也可以命令行模式)2012/5/122各种脑成像数据分析软件•SPM(我用的最多，Windows/Linux，基于Matlab，适合处理任务fMRI数据)•REST/DPARSF(A)(臧玉峰团队，Windows/Linux基于Matlab静息态fMRIWindows/Linux，基于Matlab，静息态fMRI分析工具，富含各种fMRI数据分析小工具)•AFNI(Linux，命令行方式，功能强大)•FSL(Linux，GUI/命令行方式)•BrainVoyager(收费，Windows/Linux，GUI界面很方便，也可以命令行模式)AFNI•优秀的可视化•数据组织形式合理有效•利用提供的函数和Plug‐ins，几乎可以做任何事编写完脚本后劳永逸何事，编写完脚本后，一劳永逸。CoxFSL•FMRI,MRIandDTI•各种SPM可以做的预处理和统计分析•MELODIC，ASL数据分析，BET，FAST，TBSS可以用……，可以用GUI•用它所给的各种函数，你几乎可以对MRI/fMRI做任何事，但是上手比较难•提供了各种模板：AnalysisGroup,FMRIB,Oxford,UKBrainVoyager•fMRI,DTI,TMS,EEG和MEG数据分析•C++,parallel,multi‐core,multi‐processor,GPU•各种SPM可以做的预处理和统计分析•Surfacemap,cortex‐basedrealignment•MVPA,ICA,corticalthickness,volumerenderingRainerGoebel2012/5/123各种脑成像数据分析软件•SPM(我用的最多，Windows/Linux，基于Matlab，适合处理任务fMRI数据)•REST/DPARSF(A)(臧玉峰团队，Windows/Linux基于Matlab静息态fMRIWindows/Linux，基于Matlab，静息态fMRI分析工具，富含各种fMRI数据分析小工具)•AFNI(Linux，命令行方式，功能强大)•FSL(Linux，GUI/命令行方式)•BrainVoyager(收费，Windows/Linux，GUI界面很方便，也可以命令行模式)主要内容•脑成像数据分析软件介绍•Matlab基本操作•利用SPM处理任务fMRI数据•利用REST/DPARSF处理静息态fMRI数据•静息态fMRI数据的ICA分析•我归纳的一些数据分析小窍门•一整套静息态fMRI数据分析流程示例Matlab基本操作TheMathWorksCo.Matlab6.5,Matlab7.1,Matlab7.3,Matlab2009a,Matlab2010a…Matlab界面的基本组成部分2012/5/124Matlab基本概念:WorkingDirectoryworkingdirectory即currentfolder，所有的生成的数据，默认都是放在这里。Matlab会最先搜索这里的文件。打开文件选择窗口，最先到这里。•怎么每次要找半天才能找到我的数据所在文件夹？•怎么我的程序一会能运行一会不能运行？•SPM生成的结果报表ps文件到哪儿去了？相关命令：pwdcddirMatlab基本概念:CommandwindowCommand窗口：你和matlab对话的地方。如果在命令结束后不加“；”，matlab就直接打印结果，但是会慢！所以批处理时，一定要记得加“；”。Matlab的报错信息，都会出现在这里，要留意观察！•程序怎么没有运行出结果？•上面一行红字是什么意思？Matlab基本概念:Workspace,variableWorkspace内储存“变量”。变量不会存在硬盘里，存在计算机内存中。可以向windows里一样浏览变量，双击则打开变量。内存中的数据，一旦关闭Matlab，不可恢复。可以通过save命令，将workspace的数据转入Workingdirectory中，以写入硬盘的方式存起来。load命令则相反。注意：Workspace的数据，如...