太湖沉积物中的可培养细菌：I.细菌多样性初步分析VIP免费

LakeSci．(湖泊科学)，2009，2l(1)：27-35http：／／www．jlakes．org．E—mail：jlakes@niglas．ac．cn~2009byJournalofLakeSciences太湖沉积物中的可培养细菌：I．细菌多样性初步分析周丽华，陈士超3邓志瑞，陈沁，郑乐平，刘志学”(1：上海大学环境与化学_丁程学院，上海200444)(2：上海大学生命科学学院，上海200444)(3：同济大学生命科学与技术学院，上海200092)摘要：采用牛肉膏培养基培养，从不同深度的太湖沉积物中共分离得到603个菌落形态不同的菌株，通过数值分析比较了40个形态表征性状，以不加权平均连锁聚类(UPGMA)的方式进行簇群归类，在O．75水平上可分成4个聚类群和51个亚群．从51个亚群中各随机选取一个菌株，测定其16SrDNA部分序列(约540bp)并据此进行分析，表明这些菌株分别属于Firmicutes、Actinobacteria、y-Proteobacteria这三大类群，与数据库中已知的芽孢杆菌属(Bacillus)、类芽孢杆菌属(Paenibacillus)、微球菌属(Micrococcus)、节杆菌属(rthrobacter)、迪茨菌属(Dietzia)和假单胞菌属(Pseudomonus)细菌具有很高的相似性．其中迪茨菌属在国内淡水湖泊沉积物中为首次报道．关键词：太湖；沉积物；可培养细菌；数值分类；多样性CulturablebacteriainthesedimentofLakeTaihu(I)：primaryanalysisofbacteriadiversityZHOULihua，CHENShichao，DENGZhirui，CHENQin，ZHENGLeping＆LIUZhixue(1：SchoolofEnvironmentalandChemicalEngineering，ShanghaiUniversity，Shanghai200444，PR．China)(2：SchoolofLScience，ShanghaiUniversity，Shanghai200444，P．RChina)(3：SchoolofLireScienceandTechnology，Tong／iUniversity，Shanghai200092，PRChina)Abstract：ThesedimentsamplescollectedfromthedifierentsitesoftheLakeTaihu，2006wereculturedontraditionalnutrientmedium．603bacteriastrainswereseparatedwith40differentmorphologicalfeatures，andweregroupedinto4clustersand51subclustersatthelevelof0．75withnumericalclassifiedbasedontheunweightedpairgroupmethodwitharithmeticaverages(UPGMA)algorithm．Basedonthepartialsequencesof16SrDNA(540bp)analysis，thebacteriastrainssamplechosenfromeachsubclustersrandomlywererankedintoFirmicutes，Actinobacteriaand7-Proteobacteriathreegroups，andcloselyrelatedtoBacillus，Paenibacillus，Micrococcus，Arthrobacter，DietziaandPseudomonasgenera．ThedietziagenerawasreportedinthesedimentoffreshwaterlakeinChinaforthefirsttime．Keyword：LakeTaihu；sediment；culturablebacteria；numericaltaxonomy；diversity湖泊沉积物的环境效应是水环境研究的重点之一，所关注的主要问题包括沉积物“源”、“汇”转换的时空变化【”，对污染物的吸附和沉积，以及水一土界面的营养盐、污染物释放通量等【2-3】．除温度、pH值、溶解氧(DO)、氧化还原电位(ORP)、水动力等物化因素之外llI4J，沉积物和上覆水体组成的二相结构界面问，存在一个复杂的生物相[6】．微生物由于本身的特点，在其中占有不可或缺的地位，在湖泊的物质循环和水体自净化能力维持中具有非常重要的作用l7】．因此，其种群结构及其生态功能、季节性变化特征与污染物迁移转化相关性等问题的阐明，对于研究湖泊生态系统维持、修复和环境综合治理具有重要意义．}国家自然科学基金项目(40573063)资助．2008—04—21收稿；2008—06—04收修改稿．周丽华，女，1983年生，硕士研究生E-mail：lily·zhou-1983@hotmail．com．}通讯作者：E—mail：liuzhixue@163．com．28LakeSci．(湖泊科学)，2009，21(I)近年来，国内外对湖泊沉积物中微生物多样性的研究主要包括两个层面：应用传统培养法不断发现可培养微生物Il“】，进而描述其细胞和群体特性；应用免培养分析法展示其包括未培养微生物在内的更为广泛的核酸分子多样性[12-13】．太湖是我国淡水湖泊中位于第三、长江三角洲最大的湖泊，在区域经济和社会发展中具有举足轻重的地位．近20年来，太湖的水质和生态条件迅速恶化，北部湖区蓝藻水华时常暴发，而且有逐年扩大的趋势，东...