Surflex-Dock 教程 版本sybyl_x1.2 本教程完全是个人简要翻译和整理，有不足之处，请各位参考原英文教程。初学者看英文教程要学习好久才弄明白，但是看中文的话就比较容易进入了，所以翻译本教程目的是利人利己，让广大学习者更好更快的了解 sybyl_x1.2 的使用。希望对你们有用！ 教程中翻译一部分，有些命令完全是教程里的命令，英文基本的操作还是简单易懂的，所以就不用多多翻译了。 1.引言 这个对接练习用胸苷激酶和10 个活跃的配体。在成功完成这个教程之后，你将知道如何用Surflex-Dock对接一系列的配体进入蛋白质受体的活性位点。你同样可以在教程概述之后执行确认试验以核实Surflex-Dock 使非活跃充分活跃。 时间要素：这个教程包括一系列的对接运行。这个流程需要个人时间大约 30min 和CPU 时间 5min（在2 CPU Intel Xeon 3.2 GHz 上测试）。 关于平台说明：不同的数学循环在不同的平台上可能产生不同的结果。本教程提及的结果是在 linux上获得。 2.开始 2.1 在开始之前清除屏幕和重置显示是一个好主意。 （注：带箭头复制行为操作部分） 2.2 复制所需文件进入你的工作目录：从 RCSB 获得的蛋白质结构和一个包含 10 个活性配体结构的文件。 3.进入 Surflex-Dock 和准备蛋白质 3.1 激活SYBYL’s 界面至 Surflex-Dock Docking 对话框出现 Surflex-Dock -Define SFXC File 对话框出现。 这是Su rflex -Dock运行准备的中心对话框。在这里你将准备蛋白质、定义活性位点和产生 Su rflex protomol。 3.2 读入蛋白质 1KIM，存储在RCSB 资源库中，是一个二聚体。这个文件包含两个由对称连接的单元。每个包含一个蛋白质、配体、硫酸盐和水分子。这意味着每个原子在文件中有一个对称相连的复制品。 关于 Surflex-Dock 二聚体（或任何多单位蛋白质）的用法说明： SYBYL 分配第一个原子点至 A 链和第二个点至 B 链。然而，由于 Su rflex -Dock 没有考虑链名字，在两个对称单元中它感知残基采用二次录用法。 你应该只用定义或者装入活性位点的蛋白质单元。 如果活性位点只在单体单元中定义，你只需在Su rflex -Dock 用单个单元。其它单元应该去除，如本教程展示的。由于 Su rflex -Dock 不考虑链名，使用全部的单元可能导致意料之外的结果。 如果活性位点由多个单元定义，用这些多单元。在这种情况，建议用 Ligand mode（如果存在晶体配体） 或 Au tomatic mode...
