【分享】MS 晶体建模基本方法（团簇模型） 作者: guolianshun (站内联系TA) 收录: 2010-10-11 发布: 2010-09-28 第一种情况: 从程序自带的各种晶体及有机模型中导入体系的晶胞 1． 打开MS，由file>import>structures>metals\>pure-metals>Fe 导入Fe 的晶胞。 2． 由build>Surfaces>cleave Surfaces 打开对话框. 在对话框中输入要建立的晶面（hkl），选择position，其中depth 控制晶面层数。 3． 进入build>Supercell，输入A 、B 、C 的值，得到想要的超晶胞。 4． 到该步骤，我们已经建立了一个周期性的超晶胞。如果要做周期性计算，则应选择build>Crystals>build vaccum slab，其中真空层通常选择10埃以上。如果建立团簇模型则选择build>Symmetry>Non-periodic Structure，去掉模型的周期性，并跟据自己的实际需要删除部分原子，得到想要的团簇模型。 5． 在表面插入分子时通过菜单栏上的几个小图标添加即可。 第二种情况: 手动建模，优点是可控制晶格常数。 6． 首先从文献中查到晶体的晶格常数的实验值。 7． 打开 build>Crystals>build crystals，可见到对话框。 在对话框中选择空间群与点群，然后在 Lattice Parameter 中设置晶胞基矢的长度及夹角。 8． 然后打开 build>Add atom，从对话框中输入坐标。这里只需输入几个有代表性的原子的坐标，不必全部输入。在坐标输入前首先在 option 页面中选择 coordinate system，或者分数坐标或者卡迪尔坐标。 9． 以下步骤重复2-5步。 10． 需要注意的是，采取什么样的团簇并不是任意的。原因是很多模型构造出来后在优化过程中往往不收敛。要避免这个问题的办法是查阅文献，参考文献上模型进行选取，因为它们的模型通常是经过试验证实收敛的。 几点说明 1． 与高斯相比，dmol3能够计算的体系更大。如果要研究表面的吸附，而模拟表面的团簇模型又比较大，建议采用 dmol3。如果计算的是局部化学反应，而体系也不是很大，则可以使用高斯。 2． 关于是否考虑周期性条件的问题 研究金属表面时，团簇计算方法在前些年由于计算量小曾经被广泛的应用过，直到现在也被很多人在使用着，主要被用来计算吸附和多个分子的共吸附等，即不考虑化学键的断裂。 近年来由于国际上计算能力的提升，人们开始考虑周期性条件，这点从 JPCA，JPCB，PRL，PRB，JACS 等杂志上刊出的文章里也可以看出，但是计算量要大很多。 需要注意的是，由于团簇计算方法...
