shRNA文库RNA干扰研究者的福音VIP专享VIP免费

shRNA文库：RNA干扰研究者的福音Nature428,427-431(25March2004);doi:10.1038/nature02370<>Aresourceforlarge-scaleRNA-interference-basedscreensinmammalsPATRICKJ.PADDISON1,*,JOSEM.SILVA1,*,DOUGLASS.CONKLIN1,*,?,MIKESCHLABACH2,?,MAMIELI2,SHOLAARULEBA1,VIVEKANANDBALIJA1,ANDYO'SHAUGHNESSY1,LIDIAGNOJ1,KIMSCOBIE1,KENNETHCHANG1,THOMASWESTBROOK2,?,MICHELECLEARY3,RAVISACHIDANANDAM1,W.RICHARDMCCOMBIE1,STEPHENJ.ELLEDGE2,?&GREGORYJ.HANNON11ColdSpringHarborLaboratory,WatsonSchoolofBiologicalSciences,1BungtownRoad,ColdSpringHarbor,NewYork11724,USA2DepartmentofBiochemistry,HowardHughesMedicalInstitute,BaylorCollegeofMedicine,OneBaylorPlaza,Houston,Texas77030,USA3RosettaInpharmatics,12040115thAvenueNE,Kirkland,Washington98034,USA*Theseauthorscontributedequallytothiswork?Presentaddresses:DepartmentofBiomedicalSciences,CenterforFunctionalGenomics,UniversityatAlbany,EastCampus,B342A,OneUniversityPlace,Rensselaer,NewYork12144-2345,USA(D.S.C.);DepartmentofGenetics,HarvardPartnersCenterforGeneticsandGenomics,HarvardMedicalSchoolRoom158D,NRB,77AvenueLouisPasteur,Boston,Massachusetts02115,USA(M.S.,T.W.andS.J.E.)CorrespondenceandrequestsformaterialsshouldbeaddressedtoG.J.H.(hannon@cshl.org)orS.J.E.(selledge@genetics.med.harvard.edu).GenesilencingbyRNAinterference(RNAi)inmammaliancellsusingsmallinterferingRNAs(siRNAs)andshorthairpinRNAs(shRNAs)hasbecomeavaluablegenetictool.Here,wereporttheconstructionandapplicationofashRNAexpressionlibrarytargeting9,610humanand5,563mousegenes.Thislibraryispresentlycomposedofabout28,000sequence-verifiedshRNAexpressioncassettescontainedwithinmulti-functionalvectors,whichpermitshRNAcassettestobepackagedinretroviruses,trackedinmixedcellpopulationsbymeansofDNA'barcodes',andshuttledtocustomizedvectorsbybacterialmating.Inordertovalidatethelibrary,weusedageneticscreendesignedtoreportdefectsinhumanproteasomefunction.Ourresultssuggestthatourlarge-scaleRNAilibrarycanbeusedinspecific,geneticapplicationsinmammals,andwillbecomeavaluableresourceforgeneanalysisanddiscovery.2004年3月30日，OpenBiosystems公司正式宣布对外发售。该ExpressionArrest?shRNALibraries构建者们设计、合成、测序并克隆了上千个小分子发夹RNA，研究者只需在网上数据库中选择特定的shRNA克隆就可在近期内得到用于RNAi用的shRNA。世界著名分子生物学实验室-------美国冷泉港实验室（CSHL）的Dr.Hannon设计、测序并克隆获得了大量的shRNA克隆，shRNA可以在常规的DNA载体上表达。ExpressionArrest?shRNA克隆可以通过转染方法进入细胞，或者也可以通过病毒介导（腺病毒或逆转录病毒）进入细胞。体外稳定转染可以构建持续的细胞系，持久抑制目标基因表达。全球的研究或商业性的实验室目前正在大范围的使用RNAi技术评价基因的功能，而ExpressionArrest?shRNA文库的产生促进了人和小鼠的基因功能研究，具有非常重要的科研和应用价值。ExpressionArrest?shRNA文库由OpenBiosystems公司运作上市，目前人和小鼠的文库总共包括6,500个基因，每个基因包括1-4个shRNA克隆。这些基因主要是一些非常有应用前景的基因，其蛋白质成分有可能在将来的疾病治疗领域发挥作用。该文库正在发展壮大，OpenBiosystems寄希望将来的文库能包括目前所有证实的人和小鼠基因，且每个基因包括6-10个shRNA克隆。ExpressionArrest?shRNA文库的出现是大规模RNAi筛选技术的突破，科研工作者可以通过非常简单的方式直接从该文库中找到针对某特定基因的shRNA，无需耗时耗力的siRNA设计、合成和验证过程。BenefitsofshRNAvs.siRNAsiRNAshRNA使用代价高相对较低持久性最多2周可选择获得稳定整合的细胞宿主类型细胞系原代细胞，胚胎干细胞、细胞系设计复杂的设计方法Completed...